Τα από του στόματος φάρμακα όπως η σιπροφλοξασίνη πρέπει να περάσουν τον γαστρεντερικό φραγμό και να εισέλθουν στο σώμα για να είναι αποτελεσματικά. Ορισμένα τρόφιμα και ποτά, εάν καταποθούν ταυτόχρονα με το φάρμακο, μπορεί να επηρεάσουν την απορρόφηση ορισμένων φαρμάκων. Η σιπροφλοξασίνη με γάλα είναι μία από αυτές τις καταστάσεις και επομένως οι γιατροί δεν συνιστούν αυτόν τον συνδυασμό.
Κάθε φάρμακο έχει αυτό που ονομάζεται «βιοδιαθεσιμότητα». Αυτό είναι το ποσοστό του φαρμάκου στη μέθοδο χορήγησης που καταφέρνει να μπει στην κυκλοφορία του αίματος του σώματος. Το ποσοστό του φαρμάκου που δεν περιλαμβάνεται στη βιοδιαθεσιμότητα μπορεί να διασπαστεί σε άλλα μόρια ή μπορεί να ξεπλυθεί από το σώμα μέσω ούρων ή κοπράνων.
Μια μελέτη του 1991 από το Πανεπιστήμιο του Τούρκου στη Φινλανδία ανέλυσε τη βιοδιαθεσιμότητα της σιπροφλοξασίνης με το γάλα και άλλα γαλακτοκομικά προϊόντα. Κάθε συμμετέχων στη μελέτη νήστεψε όλη τη νύχτα και στη συνέχεια έφαγε γιαούρτι ή ήπιε γάλα ή νερό μαζί με μια δόση σιπροφλοξασίνης. Οι ερευνητές εξέτασαν το τμήμα πλάσματος του αίματος των συμμετεχόντων με την πάροδο του χρόνου. Διαπίστωσαν ότι εκείνοι οι ασθενείς που έπιναν μόνο νερό είχαν υψηλότερη συγκέντρωση της κυκλοφορίας του φαρμάκου από εκείνους που έλαβαν σιπροφλοξασίνη με γάλα ή έτρωγαν γιαούρτι. Οι συγκεντρώσεις του φαρμάκου στο πλάσμα των ατόμων που πίνουν γάλα ήταν σχεδόν οι μισές από εκείνες που πίνουν νερό.
Το 2010, ερευνητές στο Πανεπιστήμιο Semmelweis στην Ουγγαρία διαπίστωσαν ότι ο πιο πιθανός ένοχος για αυτήν την έλλειψη απορρόφησης μέσω του γαστρεντερικού σωλήνα ήταν μια πρωτεΐνη που ονομάζεται καζεΐνη. Η καζεΐνη είναι ένα σημαντικό συστατικό του γάλακτος και των γαλακτοκομικών προϊόντων όπως το γιαούρτι, και όταν έρχεται σε επαφή με το φάρμακο εμποδίζει την απορρόφησή του στον οργανισμό. Οι κατασκευαστές προϊόντων σιπροφλοξασίνης λαμβάνουν υπόψη αυτήν την έρευνα όταν γράφουν τις οδηγίες του προϊόντος για τους χρήστες.
Όλα τα φάρμακα, συμπεριλαμβανομένων των αντιβιοτικών όπως η σιπροφλοξασίνη, πρέπει να υπάρχουν στον οργανισμό σε συγκεκριμένες συγκεντρώσεις προκειμένου να κάνουν σωστά τη δουλειά τους. Η σιπροφλοξασίνη σκοτώνει ορισμένους τύπους βακτηρίων, όπως αυτά που προκαλούν λεγεωνέλλωση και ορισμένες τροφικές δηλητηριάσεις, και οι χαμηλές συγκεντρώσεις μπορεί να μην καθαρίσουν τη μόλυνση. Οι γιατροί, επομένως, πρέπει να γνωρίζουν πόσο από ένα φάρμακο θα κάνει σωστά τη δουλειά και να συνταγογραφήσουν τη δόση ανάλογα.
Η σιπροφλοξασίνη μαζί με γάλα απαιτεί από τον ασθενή να λάβει περισσότερο από το φάρμακο για να θεραπεύσει μια λοίμωξη. Καθώς σχεδόν όλα τα φάρμακα έχουν παρενέργειες, οι γιατροί δεν επιθυμούν να συνταγογραφήσουν περισσότερα φάρμακα από όσα χρειάζεται. Ο κίνδυνος παρενεργειών από το συγκεκριμένο φάρμακο περιλαμβάνει επικίνδυνες επιπλοκές όπως παραισθήσεις, ρήξη τενόντων ή αλλοιώσεις στον καρδιακό παλμό. Οι πιθανές επιπλοκές για έναν ασθενή που παίρνει σιπροφλοξασίνη με γάλα μπορεί να περιλαμβάνουν επιδείνωση της λοίμωξης.