Οι πιο συχνές παρενέργειες της αφαίρεσης του ενδομητρίου περιλαμβάνουν πυρετό, κράμπες και ναυτία αμέσως μετά το χειρουργείο. Δεν είναι επίσης ασυνήθιστο για τις γυναίκες που υποβάλλονται σε αυτή τη διαδικασία να αισθάνονται κόπωση και συχνοουρία για σύντομο χρονικό διάστημα, συνήθως μόνο λίγες ημέρες, μετά την επέμβαση κατάλυσης. Οι ασθενείς συμβουλεύονται ότι η εγκυμοσύνη μετά από αφαίρεση του ενδομητρίου είναι απίθανη, αν και εάν συμβεί, υπάρχει υψηλός κίνδυνος αποβολής. Μια αφαίρεση ενδομητρίου ή μήτρας συνήθως εκτελείται για γυναίκες με ακανόνιστους εμμηνορροϊκούς κύκλους, που χαρακτηρίζονται από ασυνήθιστα μεγάλες ποσότητες απώλειας αίματος κατά τη διάρκεια του κύκλου. Η χειρουργική επέμβαση εκτελείται συχνά για ασθενείς με παθήσεις όπως η ενδομητρίωση και γίνεται μόνο αφού αποτύχουν άλλες πιο συντηρητικές θεραπείες.
Μια διαδικασία αφαίρεσης του ενδομητρίου έχει σχεδιαστεί για να καταστρέφει ένα λεπτό στρώμα της επένδυσης της μήτρας, που συχνά οδηγεί σε στειρότητα. Μετά την αφαίρεση του βιολογικού ιστού, ο εμμηνορροϊκός κύκλος του ασθενούς είτε σταματά εντελώς είτε μειώνεται σημαντικά σε σοβαρότητα και ποσότητα αίματος που χάνεται. Υπάρχουν πολλές διαθέσιμες μέθοδοι αφαίρεσης και περιλαμβάνουν, μεταξύ άλλων, την κατάψυξη του στρώματος επένδυσης, τη χρήση θερμαινόμενου υγρού και χειρουργική επέμβαση με λέιζερ.
Οι περισσότεροι ασθενείς εμφανίζουν τις κοινές παρενέργειες της αφαίρεσης του ενδομητρίου, όπως πόνο, κράμπες και ναυτία. Στις περισσότερες περιπτώσεις, αυτά τα συμπτώματα είναι βραχύβια και συχνά είναι παρόντα για περίπου τέσσερις ημέρες. Χαμηλούς πυρετούς παρουσιάζονται συχνά από ασθενείς με κατάλυση, μαζί με αισθήματα κόπωσης. Πολλές γυναίκες παρατηρούν επίσης μια λεπτή, υδαρή, αιματηρή έκκριση τις ώρες και τις ημέρες μετά την επέμβαση. Όπως και οι άλλες κοινές παρενέργειες της αφαίρεσης του ενδομητρίου, αυτές οι επιδράσεις συνήθως δεν είναι μακροχρόνιες και ο ασθενής αναρρώνει γρήγορα.
Οι γυναίκες που συνιστώνται για αφαίρεση ενδομητρίου συμβουλεύονται νωρίς στη διαδικασία ότι αυτή η διαδικασία πιθανότατα θα προκαλέσει στειρότητα, αν και η εγκυμοσύνη μπορεί να συμβεί σπάνια. Σε περίπτωση εγκυμοσύνης μετά από αφαίρεση του ενδομητρίου, οι περισσότερες εγκυμοσύνες θα αποβάλλουν αυθόρμητα ή θα αποβάλουν. Ακόμη και σε αυτές τις περιπτώσεις, ο σωματικός κίνδυνος για τη γυναίκα είναι ελάχιστος. Ωστόσο, οι περισσότεροι γιατροί ενδιαφέρονται για τη συναισθηματική υγεία του ασθενούς. Για το λόγο αυτό, ορισμένοι γιατροί προτείνουν στους ασθενείς με κατάλυση να χρησιμοποιούν εναλλακτικές μορφές ελέγχου των γεννήσεων για να αποτρέψουν την εγκυμοσύνη μετά την ανάρρωση από τη διαδικασία.
Ενώ οι περισσότεροι ασθενείς αναρρώνουν από τη χειρουργική επέμβαση με μικρή έως καθόλου δυσκολία, υπάρχουν ενδείξεις για πιο σοβαρές παρενέργειες της κατάλυσης του ενδομητρίου. Οι ασθενείς έχουν παραπονεθεί για πόνο που μοιάζει με εμμηνόρροια από κράμπες, κόπωση και πόνο στην πλάτη που εμφανίζεται μήνες μετά τη διαδικασία. Άλλοι δυνητικοί αλλά σπάνιοι κίνδυνοι που είναι πιθανοί με την αφαίρεση του ενδομητρίου περιλαμβάνουν επίσης λοίμωξη από τη χειρουργική επέμβαση και μακροχρόνια, βαριά αιμορραγία.