Οι παρενέργειες της βαζεκτομής είναι σπάνιες και αποτελούν μικρή απειλή, με τη διαδικασία να θεωρείται ευρέως ως μια εξαιρετικά ασφαλής και αξιόπιστη μέθοδος ελέγχου των γεννήσεων. Όπως με κάθε χειρουργική επέμβαση, ο πόνος είναι μια από τις πιθανές παρενέργειες της βαζεκτομής, με πιθανή φλεγμονή και μόλυνση. Άλλες πιθανές παρενέργειες της βαζεκτομής, όπως η μείωση της λίμπιντο ή η στυτική δυσλειτουργία είναι πιθανές, αλλά είναι ασυνήθιστες και θεραπεύσιμες. Μερικοί άνδρες αναπτύσσουν μια ανοσολογική αντίδραση στο δικό τους σπέρμα, η οποία μπορεί να έχει αντίκτυπο στην υγεία τους. Η πιο σοβαρή παρενέργεια της βαζεκτομής, ωστόσο, είναι η μονιμότητά της. Σε αντίθεση με άλλες μεθόδους αντισύλληψης, η βαζεκτομή είναι μέτρο δια βίου και δεν αναστρέφεται εύκολα.
Ο μετεγχειρητικός πόνος είναι η πιο πιθανή παρενέργεια που μπορεί να εμφανιστεί. Το σημείο της τομής θα είναι επώδυνο τις ημέρες μετά την επέμβαση. Αυτός ο πόνος πρέπει να υποχωρήσει μέσα σε μια εβδομάδα και τα παυσίπονα που χορηγούνται χωρίς ιατρική συνταγή είναι συνήθως επαρκή για τη διαχείριση του πόνου.
Η μόλυνση και η φλεγμονή είναι επίσης πιθανές παρενέργειες της βαζεκτομής. Αναμένεται κάποια ερυθρότητα και πρήξιμο, αλλά εάν αυτά τα συμπτώματα δεν εξαφανιστούν εντός μιας εβδομάδας ή εάν συνοδεύονται από πυρετό, μπορεί να απαιτηθεί ιατρική φροντίδα. Ο άνδρας μπορεί επίσης να αναπτύξει ένα κοκκίωμα, ένα μικρό μη καρκινικό εξόγκωμα που δημιουργείται από διαρροή σπέρματος από το κομμένο σπερματικό αγγείο, το οποίο μπορεί να προκαλέσει φλεγμονή και να μολύνει την περιοχή. Εάν υπάρχουν υποψίες για οποιαδήποτε από αυτές τις παρενέργειες της βαζεκτομής, συνιστάται να συμβουλευτείτε γιατρό.
Οι ανοσολογικές αντιδράσεις στα σπερματοζωάρια είναι πιθανές μετά από μια βαζεκτομή, με ορισμένους άνδρες να παράγουν αντισώματα που στοχεύουν το σπέρμα. Οι ερευνητές έχουν εκφράσει ανησυχίες ότι η επίθεση του σώματος στα δικά του κύτταρα μπορεί να οδηγήσει σε άλλες, δυνητικά σοβαρές καταστάσεις, όπως η αρθρίτιδα, η αθηροσκλήρωση, οι καρδιακές παθήσεις, ο διαβήτης, η σκλήρυνση κατά πλάκας και ο καρκίνος. Τα αποτελέσματα των μελετών ήταν ασαφή και δεν έχει επιβεβαιωθεί καμία σχέση μεταξύ αυτών των καταστάσεων και της βαζεκτομής.
Μερικοί άνδρες αναφέρουν μείωση του σεξουαλικού ενδιαφέροντος και κάποιοι αναφέρουν στυτική δυσλειτουργία μετά από βαζεκτομή. Μια βαζεκτομή, ωστόσο, δεν επηρεάζει τα επίπεδα παραγωγής τεστοστερόνης, ούτε επηρεάζει την ευαισθησία ή οποιαδήποτε φυσική λειτουργία. Οι παρενέργειες της βαζεκτομής που σχετίζονται με τη σεξουαλική ορμή και τη στυτική δυσλειτουργία είναι συνήθως συναισθηματικής φύσης και η θεραπεία μπορεί να είναι αποτελεσματική στη διόρθωση αυτών των προβλημάτων.
Οι βαζεκτομές δεν είναι εύκολα αναστρέψιμες και θα πρέπει να γίνονται μόνο από άνδρες που είναι σίγουροι ότι δεν επιθυμούν να κάνουν άλλα παιδιά. Σε ορισμένες περιπτώσεις, έχουν επιχειρηθεί ανατροπές, αλλά η διαδικασία δεν είναι αξιόπιστη. Μερικοί έχουν επιλέξει να αποθηκεύουν το σπέρμα σε τράπεζα σπέρματος για την περίπτωση που αλλάξουν γνώμη, αλλά αυτή είναι μια ακριβή επιλογή.
Αν και οι βαζεκτομές προσφέρουν πολύ αξιόπιστη αντισύλληψη, δεν παρέχουν τον ίδιο βαθμό προστασίας που προσφέρουν ορισμένες άλλες μέθοδοι. Οι βαζεκτομές, για παράδειγμα, δεν προσφέρουν καμία προστασία από σεξουαλικά μεταδιδόμενα νοσήματα. Ο ιδανικός υποψήφιος για βαζεκτομή είναι ένας μονογαμικός άντρας που αποφάσισε με τη σύντροφό του να μην κάνουν άλλα παιδιά.