Τα αποτελέσματα της κλομιφαίνης στους άνδρες είναι η αυξημένη παραγωγή τεστοστερόνης και επομένως η αυξημένη παραγωγή σπέρματος. Το φάρμακο λειτουργεί διαταράσσοντας το σύστημα που συνήθως λέει στην υπόφυση να σταματήσει να παράγει τεστοστερόνη. Αυτό το σύστημα περιλαμβάνει την υπόφυση εντός του εγκεφάλου και τα κύτταρα Leydig στους όρχεις. Μελέτες έχουν δείξει ότι η χρήση της κλομιφαίνης στους άνδρες δεν είναι τόσο αποτελεσματική όσο στις γυναίκες — αλλά αυτό είναι σύμφωνο με δεδομένα που δείχνουν ότι τα ζευγάρια είναι λιγότερο πιθανό να μείνουν έγκυες εάν ο άνδρας πρέπει να χρησιμοποιήσει φάρμακα γονιμότητας παρά η γυναίκα. Η κλομιφαίνη δεν έχει εγκριθεί από τον Οργανισμό Τροφίμων και Φαρμάκων των Ηνωμένων Πολιτειών (FDA) για χρήση σε άνδρες.
Η κατανόηση των επιδράσεων της κλομιφαίνης στους άνδρες απαιτεί γενικές γνώσεις σχετικά με τη διαδικασία παραγωγής τεστοστερόνης. Η υπόφυση απελευθερώνει μια ορμόνη που ονομάζεται ωχρινοτρόπος ορμόνη (LH), η οποία μεταφέρεται στα κύτταρα Leydig στους όρχεις και χρησιμεύει ως χημικός αγγελιοφόρος. Τα κύτταρα Leydig λαμβάνουν την LH και αρχίζουν να παράγουν τεστοστερόνη, αντλώντας την έξω στο σώμα. Η τεστοστερόνη που απελευθερώνεται στο σώμα μετατρέπεται σε οιστρογόνο, το οποίο επανέρχεται στην υπόφυση. Η υπόφυση λαμβάνει την περίσσεια οιστρογόνων ως σήμα για να μειώσει την παραγωγή της LH και επομένως της τεστοστερόνης.
Η χρήση της κλομιφαίνης στους άνδρες διαταράσσει αυτή τη διαδικασία. Το φάρμακο εμποδίζει τα οιστρογόνα να φτάσουν στην υπόφυση, γεγονός που κάνει την υπόφυση να πιστεύει ότι δεν υπάρχει αρκετή τεστοστερόνη στο σώμα. Η υπόφυση στέλνει περισσότερη LH προς τα κάτω στα κύτταρα Leydig στους όρχεις, τα οποία ανταποκρίνονται δημιουργώντας ακόμη περισσότερη τεστοστερόνη.
Ένα υποπροϊόν αυτής της ορμονικής διαδικασίας έχει οδηγήσει στη χρήση της κλομιφαίνης για την αύξηση του αριθμού των σπερματοζωαρίων στους άνδρες και τη βελτίωση της ποιότητας του σπέρματος. Αυτό μπορεί να συμβεί ως αποτέλεσμα της περίσσειας τεστοστερόνης που παράγεται από τα κύτταρα Leydig. Η επιπλέον τεστοστερόνη διορθώνει τα επίπεδα ορμονών, τα οποία μπορούν να οδηγήσουν σε υγιέστερο σπέρμα.
Παρά τα θετικά αποτελέσματα των δοκιμών για τις επιδράσεις της κλομιφαίνης στους άνδρες, το φάρμακο εξακολουθεί να μην έχει εγκριθεί από τον FDA για χρήση σε άνδρες. Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι η εταιρεία που αρχικά έκανε αίτηση για έγκριση το έκανε ειδικά για τη χρήση του φαρμάκου σε γυναίκες. Η έρευνα έχει δείξει ότι τα ζευγάρια όπου ο άνδρας χρειάζεται θεραπείες γονιμότητας μένουν έγκυες μόνο στο 20 έως 25 τοις εκατό των περιπτώσεων, σε σύγκριση με το 20 έως 60 τοις εκατό όταν η γυναίκα κάνει τις θεραπείες.