Υπάρχουν πολλά κύρια πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα από τη χρήση αντιβιοτικών για λοιμώξεις από σταφυλόκοκκο, τα οποία μπορεί να ποικίλλουν σε σοβαρότητα και δυνατότητα αγωγής. Τα κύρια πλεονεκτήματα περιλαμβάνουν την αποτελεσματική θεραπεία και την ασφάλεια, και τα κύρια μειονεκτήματα περιλαμβάνουν πιθανά ανθεκτικά στα αντιβιοτικά βακτήρια, όπως ο ανθεκτικός στη μεθικιλλίνη Staphylococcus aureus (MRSA), καθώς και παρενέργειες από τα αντιβιοτικά. Τα άτομα θα πρέπει να συμβουλεύονται τους γιατρούς τους πριν ξεκινήσουν οποιαδήποτε θεραπεία για μια λοίμωξη από σταφυλόκοκκο.
Πολλά αντιβιοτικά για σταφυλόκοκκο έχουν χρησιμοποιηθεί για την επιτυχή θεραπεία λοιμώξεων. Για μικρές λοιμώξεις από σταφυλόκοκκο, όπως δερματικές λοιμώξεις, θα συνταγογραφηθεί μια απλή κρέμα που περιέχει τρία κύρια αντιβιοτικά. Πιο σοβαρές λοιμώξεις θα απαιτήσουν ενδοφλέβια (IV) αντιβιοτικά για θεραπεία σταφυλόκοκκου. Ορισμένες μορφές σταφυλόκοκκου είναι ανθεκτικές στα αντιβιοτικά, αλλά αυτή η πορεία θεραπείας ήταν απίστευτα αποτελεσματική για ορισμένα στελέχη όπου άλλες θεραπείες απέτυχαν. Τα αντιβιοτικά για τον σταφυλόκοκκο είναι καλά για να σταματήσουν την ανάπτυξη μιας λοίμωξης πριν αυτή έχει την ευκαιρία να εξαπλωθεί ή να γίνει πιο σοβαρή.
Ένα από τα κύρια μειονεκτήματα της αντιβιοτικής θεραπείας για μια λοίμωξη από σταφυλόκοκκο είναι ο αυξανόμενος αριθμός ανθεκτικών στα αντιβιοτικά βακτηρίων. Αν και η πενικιλίνη ήταν η πιο κοινή θεραπεία λοίμωξης από σταφυλόκοκκο, από τη δεκαετία του 1980 τα βακτήρια έχουν δείξει αυξανόμενη αντοχή σε αυτό το αντιβιοτικό, απαιτώντας ισχυρότερα φάρμακα. Περίπου το 50% των λοιμώξεων από σταφυλόκοκκο είναι πλέον ανθεκτικές στα τυπικά αντιβιοτικά που χρησιμοποιούνται στη θεραπεία. Η ευρεία χρήση αντιβιοτικών από την κοινωνία γενικά, όχι μόνο στη θεραπεία της λοίμωξης από σταφυλόκοκκο, έχει οδηγήσει σε αυτή τη μεγάλη αύξηση των ανθεκτικών στα αντιβιοτικά βακτηρίων.
Οι λοιμώξεις από MRSA αποτελούν επίσης μειονέκτημα στη χρήση αντιβιοτικών για τον σταφυλόκοκκο, καθώς δεν ανταποκρίνονται σε αυτή τη μέθοδο θεραπείας. Τα κύρια αντιβιοτικά, όπως η πενικιλλίνη, η οξακιλλίνη, η αμοξικιλλίνη, η μεθικιλλίνη και η βανομυκίνη, δεν θεραπεύουν μια λοίμωξη από MRSA. Ως αποτέλεσμα, απαιτούνται πολύ ισχυρότερα αντιβιοτικά για τη θεραπεία αυτών των σοβαρών λοιμώξεων, οι οποίες θα μπορούσαν να οδηγήσουν σε αυξημένες ανεπιθύμητες παρενέργειες που αντιμετωπίζουν οι ασθενείς.
Οι παρενέργειες των αντιβιοτικών είναι ένα άλλο μειονέκτημα αυτής της μεθόδου θεραπείας για μια λοίμωξη από σταφυλόκοκκο. Ναυτία, έμετος, διάρροια και στομαχικές διαταραχές είναι μερικές από τις κοινές παρενέργειες των αντιβιοτικών για τον σταφυλόκοκκο. Μερικοί ασθενείς μπορεί επίσης να εμφανίσουν σοβαρές αλλεργικές αντιδράσεις σε θεραπείες με αντιβιοτικά, όπως κνίδωση, κνησμό, ζάλη και λιποθυμία, δύσπνοια ή ανάπτυξη λευκών κηλίδων στη γλώσσα. Λίγα αντιβιοτικά δεν μπορούν να συνδυαστούν με άλλα φάρμακα, όπως ορμονικά αντισυλληπτικά χάπια, ούτε μπορούν να χρησιμοποιηθούν κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης ή κατά την κατανάλωση αλκοόλ. Αυτές οι αντενδείξεις ενδέχεται να ενέχουν κινδύνους για την υγεία που αποτρέπουν ορισμένους ασθενείς από τη λήψη αντιβιοτικών ενώ αντιμετωπίζουν λοίμωξη από σταφυλόκοκκο.