Ενώ υπάρχουν πολλά διαθέσιμα αντιβιοτικά για τη θεραπεία βακτηριακών λοιμώξεων, ορισμένοι τύποι θεωρούνται τα καλύτερα για τη θεραπεία των χλαμυδίων. Τα δύο αντιβιοτικά πρώτης επιλογής για τα χλαμύδια που συνταγογραφούνται από τους περισσότερους γιατρούς είναι η αζιθρομυκίνη και η δοξυκυκλίνη. Η ερυθρομυκίνη, η οφλοξακίνη και η λεβοφλοξασίνη είναι όλα φάρμακα που μπορούν επίσης να συνταγογραφηθούν και η αμοξικιλλίνη χρησιμοποιείται μερικές φορές για τη θεραπεία εγκύων γυναικών. Κάθε φάρμακο έχει πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα όσον αφορά το δοσολογικό σχήμα, την τιμή και τις παρενέργειες.
Η αζιθρομυκίνη θεωρείται ένα από τα δύο καλύτερα αντιβιοτικά για τη θεραπεία των χλαμυδίων. Είναι πολύ εύκολο στη λήψη, απαιτεί μόνο μία δόση και θεραπεύει τη νόσο στο 95% των περιπτώσεων. Τα άτομα με χρόνιες, επαναλαμβανόμενες περιπτώσεις χλαμυδίων τα πάνε ιδιαίτερα καλά όταν λαμβάνουν θεραπεία με αυτό το φάρμακο και θεωρείται ασφαλές για χρήση κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης. Τα μειονεκτήματα του φαρμάκου είναι ότι τείνει να είναι πιο ακριβό από άλλες θεραπείες και μπορεί να προκαλέσει ναυτία ή έμετο.
Το δεύτερο από τα πιο προτιμώμενα αντιβιοτικά για τα χλαμύδια είναι η δοξυκυκλίνη. Αυτό το φάρμακο έχει χρησιμοποιηθεί για τη θεραπεία των χλαμυδίων για μεγαλύτερο χρονικό διάστημα από οποιοδήποτε άλλο και, όπως η αζυθρομυκίνη, έχει ποσοστό επιτυχίας 95% όταν λαμβάνεται σωστά. Ωστόσο, η δοσολογία είναι πολύ λιγότερο επιθυμητή, καθώς πρέπει να λαμβάνεται τέσσερις φορές την ημέρα για επτά ημέρες, καθιστώντας το πιο πιθανό ότι οι ασθενείς δεν θα ακολουθήσουν το σχήμα σωστά ή μέχρι την ολοκλήρωση. Μπορεί επίσης να προκαλέσει ναυτία, έμετο και μολύνσεις ζύμης στις γυναίκες και δεν πρέπει να λαμβάνεται κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης ή του θηλασμού. Ένα πλεονέκτημα που έχει είναι ότι είναι λιγότερο ακριβό από την αζυθρομυκίνη.
Υπάρχουν πολλά άλλα φάρμακα που μπορούν να συνταγογραφηθούν ως αντιβιοτικά για τα χλαμύδια που είναι γνωστό ότι είναι αποτελεσματικά στη θεραπεία της νόσου. Η οφλοξασίνη και η λεβοφλοξασίνη, δύο παρόμοια φάρμακα, έχουν ποσοστά ίασης συγκρίσιμα με την αζυθρομυκίνη και τη δοξυκυκλίνη, αλλά κοστίζουν περισσότερο και απαιτούν δοσολογικά σχήματα επτά ημερών, καθώς και πρόκληση βλάβης στους τένοντες κατά τη χρήση. Επομένως, έχουν μικρό πλεονέκτημα έναντι αυτών των άλλων φαρμάκων. Η ερυθρομυκίνη είναι μια άλλη επιλογή. είναι λιγότερο ακριβό από άλλες θεραπείες και οι έγκυες γυναίκες μπορούν να το πάρουν, αλλά είναι λιγότερο αποτελεσματικό από ορισμένα άλλα φάρμακα, πρέπει να λαμβάνεται για επτά ημέρες και μπορεί να προκαλέσει σοβαρή ναυτία και έμετο. Η αμοξικιλλίνη συνιστάται επίσης μερικές φορές για τη θεραπεία εγκύων με χλαμύδια, αν και το ποσοστό θεραπείας της δεν είναι τόσο υψηλό όσο η αζυθρομυκίνη και πρέπει επίσης να λαμβάνεται για επτά ημέρες για να είναι αποτελεσματική.