Ένας λογιστής φαρμακείου είναι υπεύθυνος για την καταγραφή, τη διατήρηση και τη συμφιλίωση των οικονομικών υποχρεώσεων αυτού του συγκεκριμένου τύπου επιχείρησης. Οι μέσες υποχρεώσεις λογιστή φαρμακείου συνεπάγονται παρακολούθηση ποσών που οφείλουν οι ιδιοκτήτες φαρμακείων σε άλλους προμηθευτές. Αυτή η εργασία απαιτεί επίσης από τους λογιστές να καταγράφουν τυχόν εκκρεμή υπόλοιπα στο λογαριασμό κάθε πελάτη. Αυτοί οι λογιστές ενημερώνουν επίσης τους πελάτες τους για τυχόν υφιστάμενες φορολογικές υποχρεώσεις που πρέπει να καταβάλλονται κάθε χρόνο. Άλλες απαιτήσεις λογιστή μπορεί να περιλαμβάνουν την τήρηση αρχείων απογραφής και την προετοιμασία επιταγών μισθοδοσίας για τους τεχνικούς και τους φαρμακοποιούς της εταιρείας.
Ο τυπικός λογιστής φαρμακείων έχει καλή γνώση των τοπικών και εθνικών φορολογικών κανονισμών όπως ισχύουν για αυτόν τον συγκεκριμένο κλάδο. Μερικές φορές τα φαρμακεία υπόκεινται σε περισσότερες φορολογικές υποχρεώσεις από άλλους τύπους επιχειρήσεων και ένας έμπειρος λογιστής μπορεί συνήθως να βοηθήσει τους ιδιοκτήτες να πραγματοποιήσουν έγκαιρες πληρωμές αποφεύγοντας τις κυρώσεις. Ορισμένοι δασμοί συνεπάγονται επίσης τη διαμόρφωση ενός σχεδίου για έναν ιδιοκτήτη φαρμακείου για την αύξηση των ετήσιων κερδών και τη μείωση των περιττών λειτουργικών δαπανών.
Εκτός από τις διαδικασίες υποβολής φορολογικών δηλώσεων, η περιγραφή της εργασίας περιλαμβάνει τακτικές λογιστικές υποχρεώσεις για την παρακολούθηση των εσόδων και των εξόδων της επιχείρησης. Αυτοί οι λογιστές τηρούν συνήθως λογιστικά βιβλία μηνιαίων χρεώσεων και πιστώσεων καθώς και ημερομηνίες πληρωμής. Δεδομένου ότι τα φαρμακεία χορηγούν συχνά φάρμακα που καλύπτονται από ασφαλιστήρια συμβόλαια υγείας, ένας λογιστής φαρμακείου συνήθως χρειάζεται να καταγράφει τέτοιου είδους πληροφορίες στις περισσότερες περιπτώσεις. Αυτές οι οικονομικές εκθέσεις απαριθμούν κανονικά τα ποσά που θα πληρώσουν τα προγράμματα ασφάλισης πελατών έναντι τυχόν υπολειπόμενων ποσών που θα πληρωθούν από την τσέπη τους στο φαρμακείο.
Οι λογιστές φαρμακείων μπορεί να έχουν άλλα καθήκοντα εργασίας που τους απαιτούν να ταιριάζουν με τα υπάρχοντα αποθέματα φαρμάκων με αρχεία ποσών που καταβάλλονται στους προμηθευτές. Τα μεγαλύτερα φαρμακεία μπορούν να απασχολήσουν έναν ξεχωριστό ειδικό απογραφής για να πραγματοποιήσουν φυσικές απογραφές και να παρουσιάσουν αυτές τις πληροφορίες στον λογιστή. Ο λογιστής καταγράφει συνήθως τους αριθμούς κάθε προϊόντος φαρμακείου και βεβαιώνεται ότι οι τιμές του καθενός αθροίζονται σωστά. Οι λογιστές πρέπει επίσης να γνωρίζουν πού να βρουν κοινά σφάλματα καταγραφής και πώς να τα διορθώσουν. Τα φαρμακεία με μικρότερα αποθέματα μπορούν να αφήσουν στον λογιστή τόσο τη φυσική απογραφή όσο και την οικονομική συμφιλίωση.
Η μισθοδοσία είναι μια άλλη κοινή ευθύνη ενός λογιστή φαρμακείου. Πολλά φαρμακεία απαιτούν από έναν λογιστή να παρακολουθεί τις ώρες των εργαζομένων, τα μεμονωμένα ποσοστά αμοιβής και συνήθως παρακρατούνται φόροι μισθοδοσίας. Αυτό το είδος καθήκοντος εργασίας περιλαμβάνει συχνά την προετοιμασία, την έκδοση και την καταγραφή των αμοιβών στις καθορισμένες ημέρες πληρωμής του φαρμακείου. Ένας λογιστής μπορεί επίσης να μεριμνήσει για ηλεκτρονικές άμεσες καταθέσεις σε τραπεζικούς λογαριασμούς υπαλλήλων φαρμακείων.