Τα καλύτερα φυτά θερμοκηπίου είναι ποικιλίες που έχουν τις ίδιες ή παρόμοιες απαιτήσεις θερμοκρασίας. Επιλέγοντας φυτά με συγκρίσιμες περιβαλλοντικές ανάγκες, οι κηπουροί μπορούν να έχουν ένα επίπεδο βεβαιότητας ότι τα λουλούδια, τα φρούτα ή τα λαχανικά στα θερμοκήπια τους θα αναπτυχθούν και θα ανθίσουν μαζί. Τροπικά, υποτροπικά, χυμώδη και βρώσιμα φυτά είναι μόνο μερικά από τα διαφορετικά είδη φυτών που μπορούν να καλλιεργηθούν με επιτυχία σε ένα θερμοκήπιο όταν συνδυάζονται με φυτά του ίδιου τύπου.
Τα ιδανικά φυτά θερμοκηπίου για κηπουρούς που θέλουν να καλλιεργήσουν έναν λαχανόκηπο περιλαμβάνουν παντζάρια, καρότα, αγγούρια, πράσινα κρεμμυδάκια, μαρούλι, μπιζέλια, πιπεριές και ντομάτες. Ενώ οι απαιτήσεις θερμοκρασίας για αυτά τα λαχανικά είναι παρόμοιες, το καθένα έχει τις δικές του συνθήκες για σωστή φύτευση. Τα παντζάρια και τα καρότα, για παράδειγμα, είναι ριζώδη λαχανικά και συνήθως καλλιεργούνται σε κουτιά ή μπανιέρες που τοποθετούνται σε σκιασμένες περιοχές. Οι ντομάτες μπορούν επίσης να καλλιεργηθούν σε σκάφη, αλλά απαιτούν περισσότερο φως από τα ριζώδη λαχανικά και μπορεί να χρειάζονται κάποιο είδος υποστήριξης για να διασφαλιστεί η ανάπτυξή τους. Το καλαμπόκι μπορεί επίσης να καλλιεργηθεί σε θερμοκήπιο και πολλοί κηπουροί έχουν διαπιστώσει ότι τα καλύτερα αποτελέσματα προέρχονται από τη φύτευση του καλαμποκιού απευθείας σε ένα ειδικά διαμορφωμένο κρεβάτι στο πάτωμα του θερμοκηπίου.
Τα λουλούδια δημιουργούν αξιόπιστα φυτά θερμοκηπίου. Παραδόξως, οι ορχιδέες είναι ένα από τα πιο δημοφιλή φυτά για ένα θερμοκήπιο, παρά τις αντιλήψεις ότι είναι ευαίσθητες και δύσκολο να αναπτυχθούν. Υπάρχουν πολλές ποικιλίες ορχιδέας που έχουν καλλιεργηθεί από καλλιεργητές θερμοκηπίου με μεγάλη επιτυχία. Αυτά περιλαμβάνουν την καλάνθη, το δενδρόβιο, τη λέλια και το phalaenopsis. Άλλοι τύποι λουλουδιών που αναπτύσσονται καλά μαζί είναι οι νάρκισσοι, τα snapdragons και οι τουλίπες.
Οι ορχιδέες δεν είναι τα μόνα φυτά θερμοκηπίου τροπικού τύπου που μπορούν να αναπτυχθούν εύκολα. Οι μπιγκόνιες, τα κυκλάμινα, οι φτέρες, οι φούξιες και οι γλαδιόλες απολαμβάνουν την υγρασία και αναπτύσσονται καλά μαζί σε περιβάλλον θερμοκηπίου. Τα τροπικά φρούτα ευημερούν επίσης ως φυτά θερμοκηπίου. Αυτά περιλαμβάνουν μπανάνες, λίτσι, μάνγκο, λωτούς και αστεράκια.
Η καλλιέργεια φυτών σε θερμοκήπιο επιτρέπει στους κηπουρούς ένα υψηλό επίπεδο ελέγχου των στοιχείων. Ενώ η θερμοκρασία και η έκθεση στο φως μπορούν να ρυθμιστούν, ωστόσο, το μέγεθος ενός θερμοκηπίου δεν μπορεί. Τα περισσότερα θερμοκήπια έχουν περιορισμένο χώρο και οι κηπουροί βρίσκουν ότι ο καλύτερος τρόπος δράσης είναι η επιλογή φυτών θερμοκηπίου που παράγουν τη βέλτιστη ποσότητα παραγωγής σε σχέση με το μέγεθος του φυτού. Για παράδειγμα, ένας κηπουρός μπορεί να μην θεωρεί ωφέλιμο να αγοράσει ένα μεγάλο οπωροφόρο δέντρο που παράγει πέντε ή έξι κομμάτια καρπού, ανεξάρτητα από το πόσο νέα ή νόστιμη μπορεί να είναι η καλλιέργεια. Αντίθετα, θα χρησιμοποιήσει κάθε χώρο στο θερμοκήπιο για να φυτέψει όσο το δυνατόν περισσότερα λαχανικά, φρούτα και λουλούδια.