Γενικά θεωρείται ασφαλής η λήψη ερυθρομυκίνης κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης επειδή υπάρχει ελάχιστος κίνδυνος επιβλαβών επιπτώσεων στο αναπτυσσόμενο έμβρυο. Η ερυθρομυκίνη τοποθετείται στην Κατηγορία Εγκυμοσύνης Β από τον Οργανισμό Τροφίμων και Φαρμάκων (FDA), πράγμα που σημαίνει ότι οι δοκιμές ερυθρομυκίνης σε ζώα κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης δεν βρήκαν σημαντικό κίνδυνο για το έμβρυο. Αν και δεν έχουν διεξαχθεί πλήρως ελεγχόμενες μελέτες σε ανθρώπους, δεν έχουν βρεθεί σημαντικές τερατογόνες ή επιβλαβώς μη φυσιολογικές επιδράσεις στον άνθρωπο. Ωστόσο, η λήψη μιας συγκεκριμένης μορφής ερυθρομυκίνης που ονομάζεται estolate ερυθρομυκίνης κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης, έχει βρεθεί ότι αυξάνει την πιθανότητα ηπατοτοξικότητας ή ηπατικής βλάβης στη μητέρα και θα πρέπει να χρησιμοποιείται μόνο όταν έχει αποδειχθεί σαφής ανάγκη.
Κατά τη διάρκεια μιας μελέτης σε ζώα, στους θηλυκούς αρουραίους χορηγήθηκε ερυθρομυκίνη κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης μέχρι την ολοκλήρωση του απογαλακτισμού. Σε αυτή τη μελέτη, δεν παρατηρήθηκαν επιβλαβείς ή τερατογόνες επιδράσεις, ακόμη και όταν στους αρουραίους χορηγήθηκε ερυθρομυκίνη για ολόκληρη τη διαδικασία ζευγαρώματος, καθώς και κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης και του απογαλακτισμού. Αυτά τα στοιχεία υποστηρίζουν την ασφάλεια της ερυθρομυκίνης, αλλά δεν μπορεί να εφαρμοστεί πλήρως στον άνθρωπο.
Αρκετές μελέτες επιτήρησης έχουν παρατηρήσει διάφορες εγκυμοσύνες και έχουν καταγράψει δεδομένα σχετικά με την ασφάλεια της χρήσης ερυθρομυκίνης κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης. Μια μελέτη, το Collaborative Perinatal Project, παρατήρησε 230 εγκυμοσύνες στις οποίες το αναπτυσσόμενο έμβρυο είχε εκτεθεί σε ερυθρομυκίνη, σε σύνολο 50,282 κυήσεων. Δεν παρατηρήθηκε σημαντική σχέση μεταξύ της ερυθρομυκίνης κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης και τυχόν σημαντικών αναπτυξιακών προβλημάτων.
Μια άλλη μελέτη επιτήρησης, η οποία παρακολούθησε 229,101 εγκυμοσύνες ασθενών που λάμβαναν Medicaid στην πολιτεία του Μίσιγκαν, βρήκε 6,972 περιπτώσεις χρήσης ερυθρομυκίνης κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης. Από αυτές τις εγκυμοσύνες, παρατηρήθηκαν 320 μείζονες συγγενείς ανωμαλίες. Ενώ αυτός ο αριθμός είναι ελαφρώς υψηλότερος από τον αναμενόμενο μέσο όρο των 297 ελαττωμάτων, η μελέτη δεν βρήκε σημαντική συσχέτιση μεταξύ της χρήσης ερυθρομυκίνης και των γενετικών ανωμαλιών που προκύπτουν.
Η ερυθρομυκίνη διαπερνά τον φραγμό του πλακούντα και εισέρχεται στην κυκλοφορία του αίματος του εμβρύου σε μικρές ποσότητες. Αν και τα επίπεδα ερυθρομυκίνης αυξάνονται στην κυκλοφορία του αίματος του εμβρύου όταν αυξάνεται η δόση της μητέρας, τα επίπεδα ερυθρομυκίνης της μητέρας μπορεί να ποικίλλουν κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης, καθιστώντας δύσκολη τη μέτρηση του βαθμού μετάδοσης. Τα επίπεδα στην κυκλοφορία του αίματος του εμβρύου θεωρούνται γενικά αρκετά χαμηλά ώστε να μην προκαλούν επιβλαβείς επιπτώσεις.
Μια μορφή άλατος της ερυθρομυκίνης, η εστολική ερυθρομυκίνη, δεν πρέπει να χρησιμοποιείται κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης. Έχει βρεθεί ότι αυξάνει τα επίπεδα της γλουταμινικής-οξαλοξικής τρανσαμινάσης του ορού (SGOT) στην κυκλοφορία του αίματος όταν λαμβάνεται κατά το δεύτερο τρίμηνο της εγκυμοσύνης. Σε μια μελέτη, το 10% των ασθενών παρουσίασαν αυτά τα αυξημένα επίπεδα SGOT, υποδεικνύοντας ότι είχε συμβεί ηπατοτοξία. Μόλις διακόπηκε η χρήση της ερυθρομυκίνης, αυτά τα επίπεδα επέστρεψαν στο φυσιολογικό, υποδεικνύοντας ότι πρόκειται για μια προσωρινή παρενέργεια του φαρμάκου.