Μερικές γυναίκες λαμβάνουν ονδανσετρόνη στην εγκυμοσύνη για να ελέγξουν την πρωινή ναυτία. Ταξινομημένο από τον Οργανισμό Τροφίμων και Φαρμάκων των ΗΠΑ (FDA) ως φάρμακο της κατηγορίας Β εγκυμοσύνης, θεωρείται γενικά ασφαλές για την ανακούφιση της ναυτίας στην εγκυμοσύνη. Θα πρέπει, ωστόσο, να λαμβάνεται μόνο όταν είναι απαραίτητο, όπως όταν η γυναίκα δεν μπορεί να κρατήσει το φαγητό κάτω λόγω υπερβολικής ναυτίας. Σε τέτοιες περιπτώσεις, οποιεσδήποτε πιθανές αρνητικές επιπτώσεις της ονδανσετρόνης συνήθως θεωρούνται καλύτερες από τη βλάβη που μπορεί να προκληθεί στο έμβρυο εάν δεν λάβει τα κατάλληλα θρεπτικά συστατικά από τη μητέρα. Για το λόγο αυτό, οι έγκυες γυναίκες ενθαρρύνονται να συζητήσουν τα πλεονεκτήματα και τα μειονεκτήματα με το γιατρό τους πριν λάβουν αυτό το φάρμακο.
Η ονδανσετρόνη ταξινομείται ως φάρμακο της κατηγορίας Β εγκυμοσύνης επειδή, από το 2011, δεν έχουν ολοκληρωθεί ελεγχόμενες μελέτες με έγκυες γυναίκες. Ωστόσο, οι ερευνητές διεξήγαγαν μελέτες σε ζώα για να ανακαλύψουν τις επιπτώσεις της ονδανσετρόνης στην εγκυμοσύνη. Σύμφωνα με τα αποτελέσματα, αυτό το φάρμακο δεν έχει προκαλέσει επιβλαβείς επιπτώσεις στα έμβρυα ζώων. Τούτου λεχθέντος, τα ζώα δεν ανταποκρίνονται πάντα στα φάρμακα με τον ίδιο τρόπο που κάνουν οι άνθρωποι, γι’ αυτό είναι δύσκολο να πούμε με βεβαιότητα ότι η ονδανσετρόνη στην εγκυμοσύνη δεν θα βλάψει το έμβρυο. Έχοντας αυτό κατά νου, οι γιατροί δεν θα προσφέρουν αυτό το φάρμακο εκτός εάν είναι σίγουροι ότι οι έγκυες ασθενείς τους το χρειάζονται για λόγους υγείας.
Ο κύριος λόγος που πολλοί γιατροί εξακολουθούν να συνταγογραφούν ονδανσετρόνη παρά την έλλειψη μελετών που αφορούν ανθρώπους είναι ότι η μικρή πιθανότητα αρνητικών επιπτώσεων είναι συχνά καλύτερη από την εναλλακτική. Για παράδειγμα, μερικές γυναίκες υποφέρουν από υπερέμεση κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης, πράγμα που σημαίνει ότι μπορεί να κάνουν εμετό σχεδόν ό,τι τρώνε. Οι γυναίκες που επηρεάζονται από αυτή την πάθηση δεν μπορούν συνήθως να κρατήσουν τα υγρά χαμηλά, γεγονός που ενέχει κίνδυνο αφυδάτωσης. Αυτό, σε συνδυασμό με την έλλειψη θρεπτικών συστατικών που προκαλείται από τον εμετό των περισσότερων τροφών, μπορεί να βλάψει σοβαρά τόσο τη μητέρα όσο και το έμβρυο. Η αφυδάτωση και ο υποσιτισμός είναι και τα δύο γνωστά ως επιβλαβή, ενώ η ονδανσετρόνη στην εγκυμοσύνη δεν έχει γνωστές επιβλαβείς επιπτώσεις, επομένως η λήψη της τελευταίας θεωρείται συνήθως η καλύτερη επιλογή.
Οι περισσότερες γυναίκες που λαμβάνουν ονδανσετρόνη στην εγκυμοσύνη τη χρειάζονται μόνο για το πρώτο τρίμηνο, όταν είναι πιο πιθανό να υποφέρουν από πρωινή ναυτία. Μερικές γυναίκες, ωστόσο, το χρειάζονται για όλη την εγκυμοσύνη. Σε τέτοιες περιπτώσεις, ο γιατρός τους πιθανότατα θα επανεξετάζει την κατάσταση σε κάθε προγεννητικό ραντεβού για να καθορίσει εάν τα οφέλη της ονδανσετρόνης στην εγκυμοσύνη εξακολουθούν να υπερτερούν των πιθανών κινδύνων. Οι περισσότερες γυναίκες παύουν να χρειάζονται αυτό το φάρμακο μόλις τελειώσει η εγκυμοσύνη, κάτι που είναι πιθανότατα καλό για τις μητέρες που θηλάζουν, επειδή είναι άγνωστο εάν το φάρμακο περνά από το μητρικό γάλα.