Η λήψη ζολπιδέμης στην εγκυμοσύνη θεωρείται γενικά ασφαλής όταν είναι απαραίτητο για τη θεραπεία της αϋπνίας, αλλά οι έγκυες ασθενείς συχνά προτρέπονται να δοκιμάσουν πρώτα άλλες επιλογές. Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι αυτό το φάρμακο έχει καταταχθεί στην Κατηγορία Εγκυμοσύνης C από τον Οργανισμό Τροφίμων και Φαρμάκων των ΗΠΑ (FDA). Αυτό είναι πιθανό επειδή μελέτες σε ζώα που πραγματοποιήθηκαν με τη ζολπιδέμη κατά την εγκυμοσύνη έχουν δείξει ορισμένες ανεπιθύμητες παρενέργειες, αν και δεν υπάρχουν σωστά ελεγχόμενες μελέτες σε ανθρώπους που να μπορούν να πουν με βεβαιότητα εάν είναι ασφαλές. Γενικά, οι γιατροί τείνουν να συνταγογραφούν αυτό το φάρμακο για έγκυες ασθενείς μόνο όταν η αϋπνία είναι αρκετά σοβαρή ώστε να έχει αρνητικές επιπτώσεις, οπότε τα οφέλη μπορεί να υπερτερούν των κινδύνων.
Μελέτες σε ζώα που πραγματοποιήθηκαν με αυτό το φάρμακο έδειξαν ορισμένες δυσμενείς επιπτώσεις για το έμβρυο, αν και τα ζώα λάμβαναν συχνά πολύ υψηλότερες δόσεις από αυτές που θα έπαιρναν κανονικά οι έγκυες γυναίκες. Για παράδειγμα, ορισμένα άτομα που έλαβαν υψηλές δόσεις ζολπιδέμης στην εγκυμοσύνη είχαν έμβρυα που εμφάνιζαν ατελή οστεοποίηση του κρανίου. Επιπλέον, ο ρυθμός αποβολής και η καθυστέρηση της ανάπτυξης του εμβρύου αυξήθηκε καθώς αυξήθηκε η δόση της ζολπιδέμης. Σε πολλές περιπτώσεις, ωστόσο, οι κανονικές δόσεις ζολπιδέμης κατά την εγκυμοσύνη δεν έχουν αποδειχθεί ότι έχουν αρνητική επίδραση στο έμβρυο ή τη μητέρα.
Έχουν διεξαχθεί κάποιες μικρές μελέτες σε γυναίκες που έλαβαν ζολπιδέμη κατά την εγκυμοσύνη και, ενώ δεν ελέγχονταν απαραίτητα σωστά, τα αποτελέσματά τους δείχνουν ότι υπάρχει κάποιος κίνδυνος στη λήψη αυτού του φαρμάκου. Για παράδειγμα, ορισμένες γυναίκες που έλαβαν το φάρμακο κατά το τρίτο τρίμηνο ανέφεραν σοβαρή αναπνευστική καταστολή στο νεογέννητο μωρό τους, αλλά αυτό μπορεί συνήθως να αντιμετωπιστεί ενώ βρίσκονται στο νοσοκομείο, ώστε τα αποτελέσματα να μην είναι μακροπρόθεσμα. Μια επιπλέον ανησυχία για τη ζολπιδέμη στην εγκυμοσύνη είναι η πιθανότητα τα μωρά να γεννηθούν εθισμένα στο ναρκωτικό. Ο εθισμός των νεογνών στη ζολπιδέμη χαρακτηρίζεται συχνά κατά τη γέννηση από συμπτώματα στέρησης που μπορεί να περιλαμβάνουν εφίδρωση, έμετο και μυϊκό πόνο. Τέλος, ορισμένα νεογέννητα μωρά φαίνονται αδύνατα και αδύναμα κατά τη γέννηση όταν έχουν εκτεθεί στη ζολπιδέμη στη μήτρα.
Οι μητέρες που επιθυμούν να αποφύγουν αυτές τις πιθανές επιπτώσεις ενθαρρύνονται να βρουν εναλλακτικές λύσεις για τη λήψη ζολπιδέμης στην εγκυμοσύνη και θα πρέπει να λαμβάνουν αυτό το φάρμακο μόνο όταν η αϋπνία τους είναι ακραία και τίποτα άλλο δεν λειτουργεί για τη θεραπεία της. Στις περισσότερες περιπτώσεις, η αϋπνία πρέπει να εξαφανιστεί μετά την εγκυμοσύνη. Εάν όχι, τότε αυτό το φάρμακο μπορεί να συνταγογραφηθεί χωρίς περιστατικά. Οι μητέρες που θηλάζουν, ωστόσο, θα πρέπει να τηρούν τις ίδιες προφυλάξεις με τις έγκυες γυναίκες όταν λαμβάνουν αυτό το φάρμακο, επειδή εμφανίζεται στο μητρικό γάλα και η επίδραση στα θηλάζοντα μωρά είναι άγνωστη.