Ενώ τα ίδια τα περιεχόμενα δεν είναι ιδιαίτερα επιβλαβή, η διαδικασία παραγωγής εμφιαλωμένου νερού δεν κάνει καμία εύνοια στο περιβάλλον. Πολλοί καταναλωτές που έχουν επίγνωση της υγείας πιστεύουν ακράδαντα ότι είναι προτιμότερο από το συνηθισμένο νερό της βρύσης και τα κέρδη της βιομηχανίας νερού ανέρχονται σε δισεκατομμύρια δολάρια ΗΠΑ (USD) ετησίως. Ακόμη και αν οι πτυχές εμφιάλωσης και αποστολής της βιομηχανίας έχουν αρνητικό αντίκτυπο στο περιβάλλον, το τελικό αποτέλεσμα εξακολουθεί να θεωρείται ως μια πιο υγιεινή εναλλακτική λύση από το νερό της βρύσης που επεξεργάζεται μέσω δημοτικών εγκαταστάσεων επεξεργασίας.
Ένα από τα κύρια προβλήματα με την παραγωγή εμφιαλωμένου νερού είναι η εξάρτηση από ορυκτά καύσιμα. Το ακατέργαστο πλαστικό πρέπει να θερμανθεί προτού μπορέσει να εγχυθεί σε καλούπια με σχήμα μπουκαλιού, και αυτή η πηγή θερμότητας είναι συχνά ηλεκτρική ενέργεια ή φυσικό αέριο, τα οποία παράγονται και τα δύο από ορυκτά καύσιμα. Τα τελικά μπουκάλια πρέπει στη συνέχεια να αποσταλούν με φορτηγά ή τρένα, τα οποία καίνε επίσης φυσικά ορυκτά καύσιμα. Προσθέστε σε αυτό τη χρήση πρόσθετων υλικών συσκευασίας, όπως πλαστικό περιτύλιγμα και χαρτόνι. Η απλή παραγωγή των μπουκαλιών έχει αρνητικό αντίκτυπο στο περιβάλλον.
Υπάρχει επίσης μια ερώτηση σχετικά με τη βιωσιμότητα των προγραμμάτων ανακύκλωσης πλαστικών φιαλών. Αν και το πλαστικό που χρησιμοποιείται στις περισσότερες εγκαταστάσεις εμφιάλωσης θεωρείται ανακυκλώσιμο, η πλειονότητα των χρησιμοποιημένων δοχείων δεν βλέπουν ποτέ το εσωτερικό ενός κέντρου ανακύκλωσης. Είτε αποστέλλονται σε χωματερές είτε αφήνονται πίσω ως σκουπίδια. Αυτά τα πλαστικά μπουκάλια δεν υποβαθμίζονται πολύ γρήγορα και πολλά παράγουν επιβλαβή αέρια καθώς διασπώνται. Όσο οι προσπάθειες ανακύκλωσης παραμένουν εθελοντικές, τα χρησιμοποιημένα μπουκάλια νερού θα συνεχίσουν να παράγουν αυτά τα αέρια και θα καταλαμβάνουν πολύτιμο χώρο στους χώρους υγειονομικής ταφής.
Ορισμένοι ειδικοί αμφισβητούν την ανάγκη για εμφιαλωμένο νερό κατ ‘αρχάς. Αρκετές μελέτες έχουν δείξει ότι πολλά από αυτά τα νερά δεν παράγονται από φυσικές ή προστατευμένες πηγές που προωθούνται από τους κατασκευαστές τους. Μερικά είναι λίγο περισσότερο από καθαρισμένο νερό βρύσης που προέρχεται από την ίδια πηγή με το πόσιμο νερό του δήμου. Το λεγόμενο «νερό πηγής» ή «αρτεσιανό νερό φρεατίου» μπορεί επίσης να περιέχει φυσικούς ρύπους καθώς το νερό διαπερνά το έδαφος πριν από την εμφιάλωση. Δίπλα-δίπλα δοκιμές γεύσης μεταξύ εμφιαλωμένου και επεξεργασμένου αστικού νερού βρύσης έχουν συχνά αποκαλύψει πολύ λίγες ευδιάκριτες διαφορές στη γεύση ή την ποιότητα.
Επειδή το εμφιαλωμένο νερό θεωρείται «τροφή», ο κανονισμός και οι δοκιμές στις ΗΠΑ εμπίπτουν στην Υπηρεσία Τροφίμων και Φαρμάκων (FDA). Ο FDA απαιτεί επί του παρόντος τους κατασκευαστές να δοκιμάζουν τα προϊόντα τους για επιβλαβείς ρύπους μία φορά την εβδομάδα. Το δημοτικό νερό βρύσης τελεί υπό τη δικαιοδοσία της Υπηρεσίας Προστασίας Περιβάλλοντος των ΗΠΑ (EPA). Οι απαιτήσεις δοκιμών της EPA είναι πολύ πιο αυστηρές για το νερό της βρύσης, απαιτώντας από τις μονάδες επεξεργασίας νερού να ελέγχονται για ρύπους αρκετές φορές την ημέρα. Όσον αφορά τις πιθανές βλάβες σε ανθρώπους και ζώα, το ανεξέλεγκτο εμφιαλωμένο νερό θα μπορούσε να αποδειχθεί πολύ πιο επικίνδυνο από το νερό της βρύσης.
Ορισμένοι ειδικοί επεξεργασίας νερού συνιστούν να μην ξαναγεμίζετε πλαστικά μπουκάλια νερού με φρέσκο νερό από τη βρύση, καθώς το πλαστικό μπορεί να διαρρέει τοξικές χημικές ουσίες στο νερό καθώς διασπώνται, κάτι που γίνεται πιο προβληματικό καθώς τα μπουκάλια γερνούν. Το φρέσκο πόσιμο νερό πρέπει να φυλάσσεται σε γυάλινα ή πιο μόνιμα πλαστικά δοχεία και όχι σε πλαστικά μπουκάλια μιας χρήσης.
Ενώ το εμφιαλωμένο νερό έχει σίγουρα την έκκλησή του ως φορητή πηγή ενυδάτωσης, έχει κάποια αρνητική επίδραση στο περιβάλλον. Ορισμένοι ειδικοί προτείνουν τη χρήση ενός συστήματος φιλτραρίσματος στο σπίτι για τη βελτίωση της γεύσης και της ποιότητας του τυπικού νερού της βρύσης αντί για αγορά επιπλέον νερού για πόσιμο σκοπό. Τα φίλτρα μπορούν να αφαιρέσουν σχεδόν όλους τους πιο επικίνδυνους ρύπους και ξένους παράγοντες που βρίσκονται στο νερό, και το καθαρισμένο νερό της βρύσης μπορεί να αποθηκευτεί σε πιο μόνιμα δοχεία με πολύ λιγότερες περιβαλλοντικές επιπτώσεις από τα πλαστικά μπουκάλια μιας χρήσης.