Όπως πολλά άλλα φάρμακα, τα αντιβιοτικά είχαν αποδεδειγμένα ευεργετική επίδραση, βοηθώντας στην αποτροπή βακτηριακών λοιμώξεων που κάποτε ήταν δύσκολο να αντιμετωπιστούν. Ωστόσο, υπάρχει αυξανόμενη ανησυχία ότι η υπερβολική χρήση αντιβιοτικών θεραπειών έχει δημιουργήσει επικίνδυνα στελέχη βακτηρίων ανθεκτικά στα αντιβιοτικά. Μια άλλη σημαντική πηγή διαμάχης ήταν η χρήση αντιβιοτικών φαρμάκων από τη βιομηχανία τροφίμων, για την ενίσχυση της κτηνοτροφίας και την αύξηση της παραγωγής, η οποία οδήγησε σε ανησυχίες σχετικά με δυσμενείς επιπτώσεις στην υγεία των ζώων και των ανθρώπων. Όπως όλες οι φαρμακευτικές θεραπείες, τα αντιβιοτικά μπορεί να έχουν αρνητικές παρενέργειες, οι οποίες μπορεί να προκύψουν από αλλεργική αντίδραση, από κακή χρήση ή από τυχαία θανάτωση καλών βακτηρίων μαζί με κακά. Καθώς η ανθρωπότητα μαθαίνει περισσότερα για τα οφέλη και τα μειονεκτήματά τους, η κοινωνία και η ιατρική κοινότητα μαθαίνουν πώς να προσαρμόζουν τη χρήση των αντιβιοτικών θεραπειών για να διασφαλίσουν ότι έχουν τον πιο υγιεινό αντίκτυπο.
Η ανακάλυψη των αντιβιοτικών φαρμάκων τον 20ο αιώνα ήταν μια στιγμή ορόσημο για την κοινωνία και την ιατρική κοινότητα, στο ίδιο επίπεδο με την ανακάλυψη των εμβολιασμών. Ενώ οι εμβολιασμοί νίκησαν θανατηφόρες ιογενείς ασθένειες στις οποίες οι άνθρωποι ήταν αρκετά ανίσχυροι να αντισταθούν, όπως η πολιομυελίτιδα, η γρίπη και η τενοντίτιδα, τα αντιβιοτικά παρείχαν έναν τρόπο να σκοτωθούν τα κακά βακτήρια που προκαλούσαν παλαιότερα εξουθενωτικές και πιθανές θανατηφόρες λοιμώξεις, όπως η φυματίωση, η μηνιγγίτιδα και η πνευμονία. Τα ποσοστά θνησιμότητας λόγω βακτηριακής μόλυνσης μειώθηκαν σημαντικά και ο πληθυσμός έγινε πιο υγιής. Ωστόσο, καθώς οι γιατροί άρχισαν να συνταγογραφούν ποσότητες ρεκόρ αντιβιοτικών φαρμάκων για τη θεραπεία ασθενειών, έγινε φανερό ότι μπορεί να υπάρχουν μειονεκτήματα στην υπερβολική χρήση τους.
Καθώς τα αντιβιοτικά γίνονταν πιο δημοφιλή, οι ασθενείς τα έβλεπαν ως ένα τακτικό μέρος της ζωής τους και οι γιατροί τα συνταγογραφούσαν σε ποσότητες ρεκόρ. Αυτό οδήγησε σε ένα απρόβλεπτο πρόβλημα: ορισμένα βακτήρια άρχισαν να εξελίσσονται και να αναπτύσσουν ανοσίες έναντι της αντιβιοτικής θεραπείας. Η ικανότητα των βακτηρίων να μεταλλάσσονται ως απόκριση στη θεραπεία έχει ονομαστεί αντίσταση στα αντιβιοτικά. Οι ασθένειες που κάποτε έμοιαζαν να ξεφεύγουν οριστικά από τα αντιβιοτικά έκαναν μια αναζωπύρωση. Δεν ήταν ότι τα αντιβιοτικά φάρμακα ήταν ξαφνικά αναποτελεσματικά, αλλά μέρος της ισχύς τους είχε χαθεί. Αυτό δεν ήταν μόνο αποτέλεσμα υπερβολικής χρήσης και υπερβολικής συνταγογράφησης, αλλά και κακής χρήσης. Η κοινωνία, σε κάποιο βαθμό, είχε φτάσει να βλέπει τα αντιβιοτικά ως επίδεσμο για τα πάντα, ακόμη και τις ιογενείς ασθένειες που δεν μπορούσαν να θεραπεύσουν. Ως αποτέλεσμα, η σημερινή ιατρική κοινωνία ενθαρρύνει τη χρήση αντιβιοτικών μόνο όταν είναι απολύτως απαραίτητο, με την ελπίδα ότι οι θεραπείες θα παραμείνουν αποτελεσματικές.
Η χρήση αντιβιοτικών φαρμάκων από τη βιομηχανία τροφίμων έχει επίσης προκαλέσει ανησυχία. Η αγροτική κοινωνία άρχισε να χρησιμοποιεί αντιβιοτικά στα ζώα για τον ίδιο λόγο που τα χρησιμοποιούν οι άνθρωποι: για τη θεραπεία βακτηριακών ασθενειών. Με την πάροδο του χρόνου, ωστόσο, έγινε φανερό ότι τα αντιβιοτικά φάρμακα θα μπορούσαν να προκαλέσουν αύξηση βάρους στα ζώα. Με τις αγελάδες, για παράδειγμα, το επιπλέον βάρος αποφέρει σημαντικά κέρδη για ορισμένους κτηνοτρόφους και αγρότες. Η έρευνα έχει δείξει ότι η υπερβολική χρήση αντιβιοτικών φαρμάκων σε ζώα έχει οδηγήσει σε υπερβακτήρια, ή ανθεκτικά στα αντιβιοτικά βακτήρια, τα οποία θα μπορούσαν να καταποθούν από τον άνθρωπο όταν τρώνε κρέας. Σε αυτήν την περίπτωση, μια ασθένεια που σχετίζεται με τα τρόφιμα σε ένα άτομο μπορεί να μην θεραπεύεται με αντιβιοτικά φάρμακα. Υπάρχει επίσης ανησυχία για τις αρνητικές επιπτώσεις στην υγεία των ζώων. Σεβαστές ιατρικές φωνές όπως ο Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας (ΠΟΥ) προέτρεψαν την κοινωνία να εξετάσει τους κινδύνους των αντιβιοτικών στα ζώα και να περιορίσει τη χρήση τους.