Το Μίσιγκαν ονομάζεται Πολιτεία των Μεγάλων Λιμνών λόγω του γεγονότος ότι οι ακτές του αγγίζουν τέσσερις από τις Μεγάλες Λίμνες. Αυτές οι λίμνες περιλαμβάνουν τη λίμνη Erie, τη λίμνη Huron, τη λίμνη Superior και τη λίμνη Michigan. Σχεδόν το ήμισυ αυτής της κατάστασης αποτελείται από νερό. Εκτός από τις τέσσερις Μεγάλες Λίμνες, το Μίσιγκαν έχει περισσότερες από 11,000 λίμνες στην ενδοχώρα. Οι άνθρωποι στο Μίσιγκαν βρίσκονται πάντα σε απόσταση 85 μιλίων από μια από τις Μεγάλες Λίμνες και ποτέ λιγότερο από 6 μίλια μακριά από μια λίμνη στην ενδοχώρα. Οι ειδικοί αναφέρουν ότι οι Μεγάλες Λίμνες δημιουργήθηκαν από παγετώνες πριν από περισσότερα από 12,000 χρόνια.
Το όνομα αυτού του κράτους έχει επίσης τις ρίζες του στην ινδική λέξη Chippewa για τη «μεγάλη λίμνη». Η άνω και κάτω χερσόνησος του Μίσιγκαν διαμορφώνεται από τις τέσσερις Μεγάλες Λίμνες από τις οποίες περιβάλλεται και τα σώματα γλυκού νερού στην Πολιτεία των Μεγάλων Λιμνών μπορούν να προβληθούν από το φεγγάρι.
Η λίμνη Έρι είναι η μικρότερη από τις τέσσερις Μεγάλες Λίμνες στο Μίσιγκαν. Αντιπροσωπεύει μια μικρή ακτογραμμή από τον ποταμό Ντιτρόιτ μέχρι τα σύνορα του Οχάιο. Η περιοχή της λίμνης Erie είναι 9,940 τετραγωνικά μίλια (25,744 τετραγωνικά χιλιόμετρα). Είναι επίσης η πιο ρηχή από όλες τις Μεγάλες Λίμνες και έχει κατά μέσο όρο μόνο 62 πόδια (19.8 μέτρα) βάθος. Παράκτια έλη και υγρότοποι μπορούν να βρεθούν εκεί όπου η λίμνη Erie συναντά την ακτή της πολιτείας των Μεγάλων Λιμνών.
Η πέμπτη μεγαλύτερη λίμνη γλυκού νερού στον πλανήτη, η λίμνη Χιούρον, είναι η δεύτερη μεγαλύτερη από τις Μεγάλες Λίμνες. Η έκτασή του είναι 23,010 τετραγωνικά μίλια (59,596 τετραγωνικά χιλιόμετρα). Τα ανατολικά σύνορα του Μίσιγκαν διαμορφώνονται από αυτή τη λίμνη, η οποία ήταν αρχικά γνωστή ως La Mer Douce από Γάλλους εξερευνητές. Αργότερα, αυτή η Μεγάλη Λίμνη διεκδίκησε το όνομά της από τους Ινδιάνους Χιούρον.
Η βόρεια ακτή της πολιτείας των Μεγάλων Λιμνών έρχεται σε επαφή με τη λίμνη Superior, η οποία είναι η μεγαλύτερη λίμνη γλυκού νερού που έχει βρεθεί στη Γη. Η λίμνη Superior καλύπτει 31,820 τετραγωνικά μίλια (82,400 τετραγωνικά χιλιόμετρα) στις ΗΠΑ και 11,081 τετραγωνικά μίλια (28,700 τετραγωνικά χιλιόμετρα) στον Καναδά. Αυτή η λίμνη έχει ιστορία ναυαγίων και βίαιων καταιγίδων. Το Isle Royale είναι το μεγαλύτερο νησί στη λίμνη Superior στο Μίσιγκαν.
Η λίμνη Μίσιγκαν είναι η δεύτερη μεγαλύτερη Μεγάλη Λίμνη. Από όλες τις Μεγάλες Λίμνες, είναι η μόνη που περιβάλλεται πλήρως από τις Ηνωμένες Πολιτείες. Ποτάμια και ρυάκια από την Πολιτεία των Μεγάλων Λιμνών ρέουν στη λίμνη Μίσιγκαν και μια πλήρης αλλαγή νερού συμβαίνει κάθε 100 χρόνια καθώς ρέει στη λίμνη Χιούρον μέσω των Στενών του Μακινάκ.
Αν και το επίσημο κρατικό λουλούδι του Μίσιγκαν είναι το άνθος της μηλιάς, το επίσημο κρατικό αγριολούλουδο είναι η ίριδα της λίμνης νάνου. Είναι ένα απειλούμενο είδος, αλλά μπορεί να εντοπιστεί κατά μήκος των ακτών των Μεγάλων Λιμνών στο Μίσιγκαν. Μια εικόνα μιας λίμνης εμφανίζεται επίσης στην κρατική σημαία του Μίσιγκαν.