Niezależna apteka jest własnością i jest zarządzana przez jednoosobową firmę lub grupę właścicieli małych firm. Apteka tego typu zazwyczaj nie jest powiązana z siecią handlową lub marką, chyba że jest to lokalizacja franczyzowa. Właściciele i operatorzy działają dla siebie i muszą opracować własne strategie marketingowe i obsługi klienta. Niektóre niezależne apteki mogą należeć do ogólnokrajowych lub lokalnych organizacji, które pomagają im zapewnić obniżone ceny dostaw i korzystać z usprawnionej sieci dystrybucji.
Podstawowa różnica między apteką niezależną a apteką będącą częścią sieci detalicznej polega na tym, że firmą zarządza osoba lub niewielka grupa osób. Zamiast otrzymywać wskazówki z biura korporacyjnego lub gwarantowaną pensję, niezależny farmaceuta przejmuje obowiązki finansowe i kierownicze związane z posiadaniem firmy. Jest to podobne do posiadania niezależnego sklepu spożywczego, agencji ubezpieczeniowej lub usługi pielęgnacji psów. Aby osiągnąć zysk i utrzymać działalność, farmaceuta zazwyczaj musi opracować biznesplan, który będzie kontrolować wydatki i generować odpowiednie przychody.
Personel niezależnej apteki jest zazwyczaj wynajmowany i zarządzany przez właściciela. Często właściciel będzie pracował dłużej niż personel, zwłaszcza na początkowych etapach istnienia apteki. Właściciele muszą decydować, na ile pracowników może sobie pozwolić firma, a także ich harmonogram, stawkę płac i pakiet świadczeń pracowniczych. Niektórzy operatorzy kupują istniejącą firmę od innego właściciela, zakładają własną lokalizację lub kupują lokalizację franczyzową o ugruntowanej nazwie marki.
Wydatkami i zamawianiem zaopatrzenia zazwyczaj zarządza również właściciel niezależnej apteki. Na przykład cały niezbędny sprzęt, w tym kasy fiskalne i pojazdy dostawcze, jest kupowany i utrzymywany przez właściciela firmy. W niektórych krajach istnieją krajowe stowarzyszenia, do których niezależne apteki mogą się przyłączyć, aby pomóc im w negocjowaniu z firmami ubezpieczeniowymi i dostawcami leków na receptę. Stowarzyszenia te zazwyczaj utrzymują dużą sieć dystrybucji, która dostarcza zamówiony produkt do niezależnych lokalizacji, co może naśladować wewnętrzną dystrybucję większej firmy.
Właściciel niezależnej apteki odpowiada również za opracowanie strategii promocyjnych i obsługi klienta. W zakresie usług to właściciel zazwyczaj decyduje o tym, w jaki sposób lokalizacja będzie się wyróżniać na tle konkurencji sieciowych. Wyższy stopień personalizacji jest powszechną strategią obsługi klienta, ponieważ budżety promocyjne mogą być napięte dla właściciela małej firmy. Jedną z głównych korzyści dla właściciela jest możliwość realizacji własnych pomysłów i ostatecznie ustalenie własnego harmonogramu pracy.