Rolą apteki w opiece zdrowotnej jest kontrolowanie dostępności leków, wydawanie leków oraz zapewnienie bezpieczeństwa leków dla pacjentów. Tradycyjnie farmaceuta odnajdywał, przeliczał i pakował leki bez pomocy systemów automatycznych. Postęp technologiczny i systemy są również dostępne dla apteki, która może przejąć niektóre role od farmaceuty. Automatyzacja aptek może potencjalnie zmniejszyć liczbę błędów ludzkich i utrzymać kontrolę nad zapasami, ale systemy zrobotyzowane mogą być drogie w instalacji i utrzymaniu.
W każdej aptece leki są zwykle pod ścisłą kontrolą. Personel apteki utrzymuje porządek i zapasy leków, rolę, jaką może również pełnić system automatyzacji apteki. Maszyna może na bieżąco liczyć stan magazynowy, a także szczegóły, takie jak data ważności leku. Dzięki automatyzacji aptek, zapasy mogą być również bezpiecznie zamknięte, tak że dostęp do nich mają tylko upoważnieni pracownicy, a przeprowadzki mogą być również monitorowane. Czasami farmaceuta musi liczyć tabletki, ale tę czasochłonną pracę można by zastąpić automatycznym licznikiem tabletek, który po raz pierwszy pojawił się w aptekach w latach 1970. jako zwiastun bardziej złożonej automatyzacji aptek.
Błędy w lekach są poważnym zagrożeniem dla aptek, ponieważ farmaceuta może paść ofiarą ludzkiego błędu. Jednak dzięki systemom automatyzacji aptek można zmniejszyć liczbę nieprawidłowych recept. Zamiast mylić jeden lek z drugim o podobnej nazwie, maszyna może zamiast tego odczytać kod kreskowy produktu i wyświetlić informacje na ekranie. Jeśli recepta lekarza zawiera również kod kreskowy, urządzenie może je porównać, aby uzyskać dodatkową dokładność.
Recepty wypisane odręcznie mogą być również nieczytelne, co stanowi kolejne zagrożenie dla pacjenta w przypadku, gdy farmaceuta wyda niewłaściwy lek. Korzystanie z systemu automatyzacji apteki, który obejmuje zarówno gabinet lekarski, jak i aptekę, może zapobiec temu problemowi. Możliwe cechy systemu automatyzacji apteki obejmują możliwość uzyskania przez farmaceutę dostępu do większej ilości informacji, niż jest to wyszczególnione na ulotce produktu, jeśli zajdzie taka potrzeba.
Jeśli szpital lub klinika posiada system automatyzacji apteki, może on zmniejszyć liczbę błędów i zapobiec przyjmowaniu przez pacjentów niebezpiecznych leków. Pacjent może mieć zautomatyzowany wykres swojej choroby oraz leki, które są odpowiednie dla tego schorzenia, wraz z listą leków, które nie są odpowiednie. Pielęgniarka może następnie zeskanować kartę osoby, aby uzyskać odpowiedni lek i upewnić się, że nieodpowiednie leki nie zostaną przypadkowo przepisane.
Wady zautomatyzowanego systemu obejmują koszt maszyn, chociaż koszt można zrekompensować zmniejszeniem liczby personelu niezbędnego do kontroli i wydawania leków. Ponadto systemy automatyczne mogą się zepsuć lub ludzie mogą je ominąć i zmniejszyć ich skuteczność, łamiąc zasady użytkowania. Przykłady obejmują wykorzystanie tożsamości innej osoby lub pomieszanie recept pacjentów.