Ochrona nietoperzy to termin opisujący wysiłki zainteresowanych osób, aby pomóc wzmocnić zagrożone populacje nietoperzy na całym świecie. Zdaniem ekspertów nietoperze są zagrożone z wielu powodów, w tym z powodu niszczenia siedlisk, stosowania pestycydów i chorób. Aby chronić nietoperze, ludzie zrobili wszystko, od uchwalenia przepisów chroniących ich siedliska, przez badanie zagrożeń dla populacji nietoperzy, po uczenie ludzi o nietoperzach w celu wygenerowania poparcia społecznego dla ochrony nietoperzy.
Na świecie istnieje wiele różnych gatunków nietoperzy, a wiele z nich ma zupełnie inną dietę, co skutkuje bardzo różnymi rolami w ekosystemie. Na przykład wiele nietoperzy służy przede wszystkim jako drapieżniki owadów, podczas gdy inne mogą jeść owoce, służąc ekosystemowi, rozsiewając nasiona i utrzymując zdrowe lasy. W większości przypadków eksperci uważają, że wiele z tych ról niekoniecznie mogłoby być wypełnianych przez inne zwierzęta, gdyby nietoperze miały wyginąć, a niektórzy eksperci uważają, że potencjalne konsekwencje takiego zdarzenia mogą być niezwykle poważne. Obawy związane z tymi zagrożeniami są jedną z głównych sił napędowych wielu wysiłków na rzecz ochrony nietoperzy.
Niektóre nietoperze żyją na drzewach, inne w jaskiniach, a największym zagrożeniem dla nietoperzy jest generalnie niszczenie siedlisk. Czasami niszczenie siedlisk szkodzi nietoperzom bezpośrednio, niszcząc miejsca, w których żyją, podczas gdy w innych przypadkach może być bardziej pośrednie. Na przykład, gdy ludzie niszczą bagna i inne obszary, na których licznie rozmnażają się owady, zmniejszenie populacji owadów może prowadzić do niedoboru pożywienia dla nietoperzy. Innym problemem jest to, że niektóre nietoperze jaskiniowe żyją również w starych budynkach, a kiedy te budynki zostaną wyburzone, nietoperze tracą swoje domy. Na niektórych obszarach uchwalono nawet przepisy dotyczące ochrony nietoperzy, nakładające ograniczenia na niszczenie wszelkich budynków, w których nietoperze wykorzystują jako schronienie, a niektórzy ludzie zakładają małe schronienia dla nietoperzy na swoich osobistych posesjach, aby zrekompensować straty siedlisk.
Innym poważnym zagrożeniem dla nietoperzy jest infekcja grzybicza znana jako zespół białego nosa, a wiele działań na rzecz ochrony nietoperzy jest poświęconych lepszemu zrozumieniu choroby. Zespół białego nosa prowadzi do rozwoju grzybów na różnych obszarach ciała, w tym w jamie ustnej, i może powodować, że nietoperze opuszczają swoje gniazda w okresie hibernacji, co ostatecznie prowadzi do głodu i śmierci. Niektórzy eksperci uważają, że za szybkie rozprzestrzenianie się tego grzyba mogą odpowiadać przede wszystkim ludzie grotołazi, chociaż niekoniecznie jest to pewne. Niektórzy eksperci sugerowali, że ludzie powinni unikać jaskiń, dopóki choroba nie zostanie lepiej zrozumiana, podczas gdy inni po prostu namawiają ludzi, aby nigdy nie nosili tych samych ubrań w dwóch różnych jaskiniach.