Oprogramowanie routera CNC odróżnia router do drewna sterowany numerycznie (CNC) od innych typów routerów. Oprogramowanie do projektowania wspomaganego komputerowo (CAD), oprogramowanie do komputerowego wspomagania produkcji (CAM) lub ich kombinacja jest używane w oprogramowaniu routera CNC. Chociaż istnieje wiele programów, które należą do tych kategorii, wszystkie one zasadniczo różnią się osiami. Jeśli dostępne są tylko dwie osie, można wykonać tylko pracę dwuwymiarową, a jeśli są trzy osie, można realizować projekty trójwymiarowe.
Chociaż nauczenie się wszystkich instrukcji oprogramowania routera CNC może zająć trochę czasu, podstawowy sposób jego działania jest dość prosty. Osoba pracująca na routerze CNC wprowadzi zestaw grafik wektorowych i współrzędnych do swojego programu CAD/CAM, pasującego do projektu, który zamierza wykonać. Ponieważ komputer, na którym działa oprogramowanie routera CNC, jest podłączony do samego routera, polecenia wprowadzone do programu zostaną przesłane do łopat routera, które wykonują fizyczną pracę podczas projektu.
Każde z tych ostrzy można traktować jako działające na określonej osi. Współrzędne wprowadzone do oprogramowania CNC informują router o pozycjach wzdłuż osi, w których musi się znajdować, w każdym momencie w ustalonym przedziale czasu. Współrzędne osi X i Y będą sterować dwuwymiarowym cięciem obiektu, takiego jak projekt na blacie stołu. Praca trójwymiarowa jest wykonywana wzdłuż osi Z. W oprogramowaniu CNC współrzędne osi Z mogą przekazywać polecenia do ostrzy routera, co skutkuje nie tylko trójwymiarowymi obiektami, takimi jak kule, ale także trójwymiarowymi cięciami wewnętrznymi, które byłyby konieczne na przykład podczas drążenia cylindra.
Na rynku dostępne są inne typy frezarek do drewna, takie jak frezarka do przycinania, frezarka o stałej podstawie i frezarka wgłębna, ale router CNC wyróżnia się jako jedyny sterowany przez oprogramowanie komputerowe. Wszystkie pozostałe mają ostrza i narzędzia, które muszą być ustawiane i przemieszczane przez osobę samodzielnie obsługującą frezarkę górnowrzecionową. Może nie porusza samymi ostrzami, ale porusza częściami maszyn, które kontrolują ruch ostrzy. W innych routerach istnieją pewne ustawienia, których można użyć do określenia określonych głębokości i rodzajów cięć, ale ponieważ w ruch ostrzy routera zaangażowane są ludzkie ręce, pojawia się miejsce na błędy. Trzęsienie się rąk i niepoprawne szacowanie nie stanowią problemu dla routera CNC, ponieważ oprogramowanie routera CNC dyktuje określone ruchy w oparciu o grafikę wektorową i wprowadzone współrzędne; całą pracę wykonuje sam router, który otrzymuje instrukcje od oprogramowania.