Boczne wgłębienie jest sparowanym przedłużeniem móżdżku ludzkiego mózgu do rdzenia. Rdzeń w dużej mierze działa regulując autonomiczne systemy organizmu. Wiele procesów przetwarzanych przez móżdżek można uznać za subkognitywne, takie jak rozpoznawanie głosu i percepcja przestrzeni ciała. Chociaż są to głównie połączenia nerwowe, sparowane połączenia służą również jako przewody do wymiany płynu mózgowo-rdzeniowego między mózgiem a rdzeniem kręgowym. Neurolodzy uważają, że boczne wgłębienia umożliwiają szybką pętlę sprzężenia zwrotnego bodźców zewnętrznych z automatycznymi, niemal odruchowymi funkcjami motorycznymi, w tym skurczami mięśni, które orientują człowieka w pozycji pionowej i wykonują wyuczone ruchy.
Cały ośrodkowy układ nerwowy, w tym rdzeń kręgowy, jest zanurzony w płynie mózgowo-rdzeniowym, który zapewnia poduszkę, pływalność i stabilność chemiczną. Płyn jest wytwarzany w czterech komorach mózgu zwanych układem komorowym, połączonych otworami zwanymi otworami. Czwarta komora w kształcie rombu, znajdująca się w górnej części pnia mózgu, ma rurkowate wypustki — boczne wgłębienie — których boczne otwory umożliwiają przepływ płynu dalej do całej centralnej osłony rdzenia kręgowego, a także do cysterny zwanej przestrzenią podpajęczynówkową.
Otwory nazwane Luschka na cześć anatoma Huberta von Luschki, dwa końcowe otwory bocznego wgłębienia, jak również jedna trzecia środkowa szczelina zwana otworem Megendie, są kluczowymi przewodami dla bariery krew-mózg. Gąbczasta przestrzeń podpajęczynówkowa, trafnie nazwana ze względu na delikatną pajęczynę tkanki łącznej i zawarty w niej płyn mózgowo-rdzeniowy, rozprzestrzenia się, otaczając cały mózg i służy do ochrony otaczającej tkanki naczyniowej. Boczna wnęka i otwór mają bardzo małą średnicę, więc mogą łatwo zostać zablokowane, co prowadzi do poważnego stanu budowania ciśnienia komorowego zwanego wodogłowiem. Jeśli przestrzeń podpajęczynówkowa zostanie zaogniona przez infekcję lub krwotok, zanieczyszczenie może powikłać się w zapalenie komór lub zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych.
Móżdżek, przegubowa mała kula materii mózgowej, znajduje się pod i z tyłu większego mózgu. Móżdżek, chociaż odpowiada za niektóre podstawowe funkcje poznawcze, w tym uwagę i rozpoznawanie mowy, jest najważniejszy dla koordynacji przestrzennej, precyzji i koordynacji ruchów ludzkich mięśni. Dach czwartej komory mózgu jest podstawą móżdżku. Jego ściany boczne tworzą szypułki móżdżku, a boczne wgłębienie rozciąga się przez dolną szypułkę móżdżku do rdzenia, czyli pnia mózgu, który reguluje autonomiczną, mimowolną aktywność metaboliczną, taką jak oddychanie i skurcze serca. Grube wiązki włókien nerwowych dolnej szypułki skutecznie łączą i pośredniczą w funkcjach móżdżku i rdzenia.
Dolny szypułka móżdżku i znajdujące się w nim boczne wgłębienie mogą wymieniać dwumodalne sygnały wejściowe i wyjściowe między móżdżkiem a rdzeniem. Do jego głównych włókien nerwowych należy również droga rdzeniowo-móżdżkowa, która przekazuje dane proprioceptywne z całego ciała — jego położenie w stosunku do przestrzeni. Móżdżek, poznawszy na przykład wymagania mięśniowe związane z wyprostowaną postawą, musi automatycznie współpracować z rdzeniem, aby odpowiednio dostosować oddech i ciśnienie krwi do pozycji wyprostowanej.