Pień mózgu i móżdżek pełnią indywidualne role w funkcjach poznawczych i kontroli motorycznej. Podobnie jak inne części mózgu i całe ciało, pień mózgu i móżdżek mają różne cele. Kiedy połączy się ich cele, staje się jasne, jak bardzo pień mózgu i móżdżek zależą od siebie i odwrotnie, w ogólnym funkcjonowaniu mózgu. Aktywność może rozpocząć się w jednym obszarze lub może być równoczesna.
Umieszczony z tyłu głowy i mózgu pień mózgu jest sekcją w górnej części rdzenia kręgowego. Jego głównym zadaniem jest zapewnienie kontroli sensorycznej i motorycznej szyi i twarzy. W pniu mózgu znajdują się wszystkie połączenia nerwowe, które biegną od mózgu do reszty ciała. Kontroluje ośrodkowy układ nerwowy, funkcje serca i oddychanie. Ponadto pień mózgu odgrywa również kluczową rolę w utrzymaniu cyklu snu i czuwania.
W przeciwieństwie do tego, móżdżek znajduje się w dolnej części mózgu, rozciągnięty pod obiema półkulami, z częścią pnia mózgu z przodu. Móżdżek reguluje również kontrolę motoryczną, która łączy pień mózgu i móżdżek w jeden sposób. Funkcje poznawcze, takie jak język, są regulowane przez móżdżek. Odgrywa również rolę w kilku reakcjach emocjonalnych. Chociaż pień mózgu ma podstawową kontrolę nad inicjowaniem ruchu. Móżdżek wspomaga ruchy, pomagając regulować czas i koordynację.
Pień mózgu i móżdżek mogą odpowiadać za regulowanie różnych funkcji, ale również współpracują ze sobą. Jeśli dojdzie do uszkodzenia móżdżku, jest mało prawdopodobne, aby doszło do paraliżu, ponieważ główną kontrolą motoryczną zajmuje się pień mózgu. Uszkodzenie pnia mózgu może jednak prowadzić do paraliżu, ale może również powodować niedobór innych funkcji. W niektórych przypadkach móżdżek może kompensować drobne urazy lub uszkodzenia pnia mózgu, ale tylko wtedy, gdy nie jest utrudniona znaczna kontrola. Sam móżdżek nie jest w stanie funkcjonować tak, jak pień mózgu.
Kiedy pień mózgu i móżdżek funkcjonują normalnie, są od siebie zależne. Pień mózgu odgrywa najbardziej wpływową rolę w funkcjach wykonywanych przez oba narządy. Móżdżek działa jako wsparcie strukturalne, pomagając w tych samych funkcjach co pień mózgu, ale nie w takiej samej zdolności. Jeśli wystąpi problem z którymkolwiek z narządów, prawdopodobnie wpłynie to na kontrolę motoryczną.