Klindamycyna jest antybiotykiem ogólnie uważanym za bezpieczny podczas ciąży, zwłaszcza biorąc pod uwagę, że niektóre nieleczone infekcje mogą prowadzić do przedwczesnego porodu. Lekarze najczęściej przepisują klindamycynę w ciąży, aby wyeliminować zagrożenie bakteryjnym zapaleniem pochwy i infekcjami wewnątrz macicy lub tkanki płodowej. Amerykańska Agencja ds. Żywności i Leków (FDA) umieściła ten lek w kategorii B ciąży, ponieważ badania nie wykazują szkodliwego wpływu na płody zwierzęce. Z drugiej strony wiadomo, że lek ten przenika przez łożysko i biorąc pod uwagę, że badania przeprowadzone na ludziach nie potwierdzają jego bezpieczeństwa, powinien być stosowany tylko wtedy, gdy lekarz uważa, że korzyści z jego stosowania przewyższają ryzyko dla kobiety i płodu.
Bakteryjne zapalenie pochwy jest częstą infekcją, którą zazwyczaj należy leczyć w czasie ciąży, ponieważ może zaszkodzić płodowi. Główne zagrożenia to zwiększone prawdopodobieństwo przedwczesnego porodu i niska masa urodzeniowa. Chociaż przyjmowanie klindamycyny może leczyć infekcję, stan ten często przebiega bezobjawowo, więc kobiety ze skłonnością do przedwczesnego porodu mogą być badane pod kątem tego pomimo braku objawów. To pokazuje, jak niebezpieczna może być, gdy nie jest leczona, i dlaczego klindamycyna w ciąży jest często potrzebna w przypadku zdiagnozowania bakteryjnego zapalenia pochwy.
Lek ten jest również czasami stosowany w leczeniu infekcji w tkance płodowej lub macicy, ponieważ może przenikać przez łożysko. Z drugiej strony lekarze mogą poczekać, aż dziecko się urodzi, aby wyleczyć niektóre infekcje u matki, o ile są one niewielkie i nie stanowią zagrożenia dla matki lub dziecka. Na przykład lekarze raczej nie stosują klindamycyny w ciąży w leczeniu trądziku, ponieważ ryzyko tego stanu zwykle nie przewyższa ryzyka związanego z większością leków w czasie ciąży. Zamiast tego mogą poczekać do narodzin dziecka lub wybrać antybiotyk, który został odpowiednio przebadany na ludziach.
Chociaż badania na zwierzętach nie wykazują zwiększonego ryzyka wad wrodzonych przy stosowaniu klindamycyny w ciąży, dlatego należy do kategorii ciąży B, należy ją stosować ostrożnie. Wynika to z faktu, że badania przeprowadzone na ludziach nie były wystarczająco kontrolowane, aby określić dokładny wpływ na ludzkie płody. Na wszelki wypadek wielu lekarzy przepisuje ten lek tylko w drugim trymestrze, co może zmniejszyć ryzyko poronienia lub wad wrodzonych. Ponadto należy zauważyć, że lek ten pojawia się w niewielkich ilościach w mleku matki, dlatego matkom karmiącym piersią zaleca się odczekanie kilku godzin przed karmieniem piersią, jeśli muszą zażywać ten lek.