Idea Kamienia Filozoficznego jest powszechna w mitologii europejskiej. JK Rowling zapożyczyła ideę alchemicznie stworzonego kamienia o magicznych właściwościach do swojej popularnej serii o Harrym Potterze. W książkach o Harrym Potterze jest tylko jeden Kamień Filozoficzny, stworzony przez Nicolasa Flamela w 1400 roku. Kamień Flamela jest w stanie przekształcić przedmioty w złoto i wytworzyć Eliksir Życia, który zapewnia nieśmiertelność pijącemu.
Magiczny przedmiot po raz pierwszy pojawił się w Harrym Potterze i Kamieniu Filozoficznym, który został wydany w Stanach Zjednoczonych pod tytułem Harry Potter i Kamień Filozoficzny. Scholastic, amerykański wydawca książek o Harrym Potterze, uważał, że amerykańscy czytelnicy nie będą tak przyciągać do książki o „kamieniu filozoficznym”. Wybór ten został skrytykowany wraz z amerykanizacją książek o Harrym Potterze wydanych w Stanach Zjednoczonych: dokonano niewielkich zmian w języku, którego używali bohaterowie, z obawy, że Amerykanie go nie zrozumieją.
Kluczowym elementem książki jest Kamień Filozoficzny. Nicolas Flamel jest przyjacielem Albusa Dumbledore’a, dyrektora Szkoły Magii i Czarodziejstwa w Hogwarcie. Oboje pracowali razem przy projektach alchemicznych, prawdopodobnie pracując z samym Kamieniem Filozoficznym, aby zbadać jego właściwości. Flamel zwraca się również do Dumbledore’a, aby chronić kamień, i na początku księgi zostaje przeniesiony z Krypty 713 w Gringotcie do Hogwartu, gdzie uważa się, że jest bezpieczniejszy.
Współpracując z kilkoma instruktorami w szkole, Dumbledore stawia przed Kamieniem Filozoficznym szereg przeszkód, aby go chronić. Seria zaczarowanych zabezpieczeń ma na celu powstrzymanie Voldemorta przed zdobyciem Kamienia Filozoficznego, ponieważ Dumbledore obawia się, że Voldemort zmartwychwstanie. Ostatecznie Voldemort jest w stanie przeniknąć wszystkie zabezpieczenia z wyjątkiem ostatniego: Dumbledore sprytnie ukrywa kamień w Lustrze Zniszczonych w taki sposób, że tylko ktoś, kto chce znaleźć Kamień Filozoficzny, ale go nie używa, może go zdobyć.
W lekcji o celach i motywach, Harry rozumie to, ponieważ patrzy w lustro bez zamiaru jego użycia, a także skutecznie opiera się próbie przejęcia Kamienia Filozoficznego przez Voldemorta. Po tej kulminacyjnej scenie Kamień Filozoficzny zostaje zniszczony, aby uniemożliwić Voldemortowi jego zdobycie, a Nicolas Flamel i jego żona przygotowują się na śmierć. Harry początkowo jest zaniepokojony tą dwójką, ale Dumbledore wskazuje, że Flamel żyje od ponad sześciuset lat i prawdopodobnie jest gotowy na „następną wielką przygodę” śmierci.