Barok miał miejsce w Europie w latach 1600-1750, tworząc pomost między okresem renesansu i klasycyzmu. Instrumenty barokowe były zasadniczo tymi samymi, które były używane w okresie renesansu, chociaż wiele z nich doznało ulepszeń dzięki innowacjom technologicznym i mechanicznym. W okresie baroku nastąpił rozwój rodziny skrzypiec, która zastąpiła rodzinę skrzypiec wiolowych instrumentów smyczkowych, która była znana w okresie renesansu. Główną rolę odgrywały instrumenty klawiszowe, takie jak organy i klawesyny. Popularne były również instrumenty dęte.
Skrzypce były najczęściej używanymi instrumentami barokowymi. Instrumenty strunowe, na których grano smyczkami w tym okresie, różniły się od współczesnych, ponieważ nie miały żadnych progów. To właśnie w okresie baroku rodzina skrzypiec osiągnęła swój zenit. Stradivarius stworzył w tym okresie swoje skrzypce, które uważane są za arcydzieła, których żaden rzemieślnik nie był w stanie prześcignąć. Inne instrumenty strunowe używane z smyczkami w tym czasie to wiolonczela, altówka i kontrabas.
Gitara to kolejny instrument smyczkowy używany w muzyce barokowej. Miał progi wykonane z jelit, które były zawiązane wokół gryfu gitary. Te barokowe instrumenty były mniejsze niż dzisiejsze gitary i miały dziewięć lub dziesięć strun.
W okresie baroku po raz pierwszy pojawiły się orkiestry. Trąbka i waltornia były głównymi instrumentami barokowymi w rodzinie instrumentów dętych używanych w orkiestrach. W przeciwieństwie do nowoczesnych trąbek i waltorni te barokowe instrumenty nie miały żadnych wentyli, co było wynalazkiem, który pojawił się dopiero w XIX wieku. Brak zaworów ograniczył użycie instrumentów dętych blaszanych do sporadycznego rozkwitu w celu dodania koloru kompozycjom orkiestrowym. Puzony były również używane okazjonalnie, ale te barokowe instrumenty były mniejsze niż puzony używane dzisiaj.
Klawesyn, który został wynaleziony w XIV wieku, największy rozgłos osiągnął w okresie baroku w kompozycjach Jana Sebastiana Bacha. Większość klawesynów miała kształt węższy i dłuższy niż fortepian, który został opracowany dopiero w XIX wieku. Struny klawesynu były szarpane, gdy naciskano klawisze. Niektóre klawesyny miały dwie struny połączone z każdym klawiszem, a niektóre miały jedną strunę na klawisz. Bach napisał także wiele kompozycji na organy.
Oboje, flety i fagoty były najczęstszymi barokowymi instrumentami dętymi drewnianymi, a flet prosty, pozostałość po renesansie, był nadal w użyciu. Wiele fletów z epoki baroku zostało skonstruowanych tak, że muzyk dął do ustnika na jednym końcu, zamiast dmuchać przez otwór, tak jak gra się na nowoczesnym flecie. Instrumenty dęte drewniane w tej epoce były wykonane z drewna.