Pomimo powszechnych konotacji słowa „komory”, komory boczne nie znajdują się w sercu, ale w mózgu. Mózg składa się w dużej mierze z gęstych zbiorów tkanki nerwowej, a układ komorowy mózgu jest połączony z centralnym kanałem rdzenia kręgowego i pomaga w krążeniu niezbędnego płynu mózgowo-rdzeniowego w mózgu. Płyn ten służy do ochrony mózgu i pozwala mózgowi „unosić się” w czaszce, zmniejszając w ten sposób jego względną wagę.
Komory boczne znajdują się w mózgu, przy czym jedna komora znajduje się na każdej półkuli. Są z grubsza w kształcie podkowy, z centralnym obszarem, a także przednimi lub czołowymi, tylnymi lub tylnymi rogami i dolnymi lub skroniowymi rogami. Ten zakrzywiony kształt powoduje, że komory boczne przechodzą przez wszystkie cztery płaty mózgu — przedni, skroniowy, ciemieniowy i potyliczny.
Komory boczne są najwyższą częścią układu komorowego mózgu i są największą z komór. Nad przednimi rogami każdej komory bocznej znajduje się ciało modzelowate, gęsta masa tkanki nerwowej, która łączy prawą i lewą stronę mózgu i umożliwia im komunikację. W tylnej części mózgu tylne rogi przechodzą przez płat potyliczny. Rogi skroniowe przechodzą przez płaty skroniowe, które znajdują się za skroniami.
W otworach międzykomorowych komory boczne łączą się z komorą trzecią. Z komory trzeciej system przechodzi do komory czwartej, która jest najniższą komorą w systemie. Czwarta komora następnie łączy się z rdzeniem kręgowym, uzupełniając system.
Płyn mózgowo-rdzeniowy, który krąży przez komory boczne i resztę układu komorowego, spełnia kilka ważnych funkcji. Zwiększa wyporność mózgu, dzięki czemu dolne części mózgu nie są zmiażdżone przez ogólną masę narządu i pomaga utrzymać właściwe ciśnienie w czaszce. Chroni również mózg przed urazami, gdy głowa jest szarpnięta lub uderzona. Ponadto płyn mózgowo-rdzeniowy pomaga dostarczać do mózgu składniki odżywcze, usuwać toksyny i pomaga utrzymać właściwą równowagę chemiczną.
Spośród czterech komór, komory boczne najczęściej doświadczają oponiaków, czyli guzów występujących w układzie nerwowym. Guzy te są zwykle łagodne, ale w rzadkich przypadkach mogą być złośliwe. Oponiaki często nie dają żadnych objawów. Jeśli powodują problemy, takie jak zaburzenia widzenia lub ciśnienie międzyczaszkowe, zwykle można je usunąć chirurgicznie.