Opieka nad cyprysowym bonsai może zależeć od wybranego gatunku drzewa, ponieważ istnieje ponad 100 różnych odmian cyprysu dostępnych do treningu jako bonsai. Popularne wersje cyprysowych bonsai to Lawson — Chamaecyparis lawsoniana, japoński Hinoki — Chamaecyparis obtuse i japońska Sawara — Chamaecyparis pisifera. Innym powszechnym rodzajem cyprysowego bonsai, który jest zalecany dla początkujących, choć nie jest to prawdziwy gatunek cyprysa, jest cyprys łysy lub bagienny — Taxodium disticchum. Opieka nad cyprysami może zatem być różna, ponieważ niektórzy wolą suche warunki klimatyczne, takie jak japoński Hinoki, a niektórzy pochodzą z regionów bagiennych i preferują stale wilgotne środowisko, takie jak cyprys łysy. Zasadniczo jednak cyprysy są łatwe w uprawie jako bonsai, więc od 2011 roku stały się bardzo popularnym wyborem i są drzewami preferującymi pełne nasłonecznienie i regularne nawożenie.
Większość gatunków cyprysów jest stosunkowo odporna, więc stanowią dobre okazy bonsai, ponieważ przystosowanie drzewa do stylu życia bonsai może być dla niego stresującym procesem. Pod względem częstotliwości podlewania cyprys Hinoki jest gatunkiem wymagającym najbardziej suchych warunków. Gleba dla Hinoki powinna być przez większość czasu wilgotna, ale jest to gatunek odporny na suszę, który może przetrwać w chłodniejszych i suchszych warunkach niż inne cyprysowe bonsai. W tym spektrum cyprys Sawara wymaga więcej wody, ponieważ pochodzi z wilgotnych obszarów, a cyprys łysy wymaga prawie stałego stanu mokrej gleby, ponieważ pochodzi z bagien. Sawara i cyprys łysy mogą również umrzeć, jeśli zostaną wystawione na działanie zimna i muszą być zimowane w szklarniach.
Ogólnie rzecz biorąc, Bonsai mogą być podatne na częstsze ataki szkodników i chorób niż ich odpowiedniki na wolności ze względu na ograniczone warunki, w których są uprawiane. Podczas gdy drzewo Hinoki jest dość odporne na szkodniki i choroby, cyprysy Sawara i Bald są często atakowane przez mszyce korzeniowe i mają delikatne gałęzie, które należy przycinać, szczypiąc palcami zamiast ścinania, aby zapobiec nadmiernemu uszkodzeniu drzew. Cyprys Lawson, który jest jedną z najpopularniejszych odmian uprawianych cyprysowych bonsai, wymaga również stale wilgotnej gleby, takiej jak Sawara, ale nie wymaga podmokłych warunków, którymi cieszy się cyprys łysy. Jednym z warunków wzrostu, które są wspólne dla wszystkich popularnych cyprysowych bonsai, jest to, że wszyscy preferują pełne światło słoneczne, co często oznacza, że same pojemniki na bonsai najlepiej przechowywać na zewnątrz.
Cyprys łysy zawdzięcza swoją nazwę temu, że jest to wyjątkowo liściaste drzewo iglaste, które zimą traci swoje przypominające igły liście. Liście najpierw stają się pomarańczowe, a następnie brązowe, co w przypadku innych cyprysowych bonsai oznaczałoby, że drzewo umiera. W przypadku cyprysów łysych jest to naturalne jesienne wydarzenie. Właściwy poziom wody dla cyprysa łysego można również określić, obserwując efekt opadania nowych liści, co wskazuje, że potrzebuje więcej wody.
Sadzenie cyprysowych bonsai zaleca się również powtarzać co dwa do trzech lat dla wszystkich gatunków, chociaż niektóre rosną szybciej niż inne. Hinoki rośnie najwolniej, więc można ją przesadzać rzadziej niż odmiany takie jak Sawara. Najszybciej rośnie cyprys łysy i co roku można go bezpiecznie przesadzać. Ponieważ kora cyprysowych bonsai może być delikatna, należy również uważać na drutowanie drzew, aby urosły do określonych kształtów. Gdy przewód się zaciśnie, należy go usunąć i zastąpić uzwojeniami luźniejszymi lub wcale.