Szczepienia pomagają organizmowi przygotować przeciwciała do walki z chorobą. Odbywa się to poprzez wstrzyknięcie organizmowi niewielkiej ilości żywego lub martwego wirusa, który wywoła odpowiedź immunologiczną organizmu. Ta odpowiedź immunologiczna wystąpi nie tylko w przypadku szczepienia, ale także w przypadku przyszłej ekspozycji na wirusa.
Szczepienia chronią osobę przed zarażeniem się chorobą „później”. Jeśli dana osoba zostałaby zaszczepiona przeciwko chorobie, ekspozycja na tę chorobę natychmiast wywołałaby reakcję immunologiczną, chroniąc w ten sposób osobę przed faktycznym zachorowaniem.
Często narażenie na niektóre choroby i ich zapadanie oznacza, że nie będzie ich ponownie. Tak więc wystawienie na działanie jednego wirusa i zarażenie się nim często pozostawia człowieka odpornego na całe życie i jest sposobem na to, by organizm sam się uodporniał. Nie oznacza to, że dana osoba nie otrzyma podobnych wirusów z podobnymi objawami, jak w przypadku wielu rinowirusów powodujących przeziębienie. Można jednak zauważyć, że w niektórych rodzinach dzieci zarażą się wirusem rinowirusa, którego nie dostają rodzice. Dzieje się tak zwykle dlatego, że rodzice mieli już tego konkretnego wirusa w przeszłości i są teraz na niego odporni.
Kilka wirusów nie powoduje dożywotniej odporności. Niektóre odnotowane przykłady to wirus syncytialny układu oddechowego (RSV). Dzieci zagrożone mogą otrzymać szczepienia na RSV, gdy są młode, ale nie pozostaną odporne po zakończeniu szczepień. Dodatkowo mogą otrzymać RSV więcej niż raz.
Jednak większość szczepień opiera się na zdolności organizmu do uodporniania się na wiele rodzajów wirusów. Zamiast czekać, aż osoba rozwinie naturalną odporność poprzez zarażenie się chorobą, szczepienia narażają organizm na tę chorobę, aby organizm nauczył się bronić przed przyszłym narażeniem.
Jest to ogólnie uważane za bezpieczniejsze niż faktyczne rozwijanie odporności przez zachorowanie. Większość wirusów lub części wstrzykniętych wirusów nie może wywołać choroby, na którą dana osoba staje się odporna. Jest kilka wyjątków. Szczepienia na ospę wietrzną i odrę/świnkę/różyczkę są pobierane z żywych wirusów. W rzadkich przypadkach dziecko może rozwinąć jeden z tych wirusów po szczepieniu, ale przypadki są dość łagodne.
Doustna szczepionka przeciw polio niosła również pewne ryzyko zachorowania na polio. Zdarzało się to bardzo rzadko i obecnie najczęściej zamiast tego stosuje się nieaktywne szczepienie przeciwko polio (IPV), wykorzystujące martwą formę wirusa. Oznacza to, że dziecko nie może zarazić się polio od IPV i prawdopodobnie jest szczepione dożywotnio.
Niektóre szczepienia nie dają odporności na całe życie. Często szczepienia muszą być powtarzane we wczesnym okresie dojrzewania lub wczesnej dorosłości, aby zapewnić ochronę przed chorobami. Wiele osób stwierdziło, że zalecenia lekarzy dotyczące terminu szczepień zmieniły się z biegiem czasu. Zaleca się skonsultowanie z lekarzem nowych zaleceń dotyczących szczepień, szczególnie dla osób starszych i dzieci w miarę ich wieku.
Niektóre wirusy są znane z tego, że nie są powstrzymane przez szczepienia. Tak było w przypadku opracowania szczepionki przeciwko HIV. Problem z HIV związany ze szczepieniem polega na tym, że HIV atakuje komórki, które normalnie wywołują odpowiedź immunologiczną. Ponieważ te komórki są wyłączone, nie są w stanie zwalczyć wirusa. Chociaż niektóre leki pomogły ograniczyć nasilenie zakażenia HIV, nikt jeszcze nie był w stanie opracować szczepionki, która sprawiłaby, że komórki odpornościowe zareagują w odpowiedni sposób.
Co więcej, HIV jest retrowirusem, co oznacza, że zmienia swój kształt, gdy organizm próbuje z nim walczyć. Tak więc wstrzyknięcie człowiekowi martwego wirusa HIV może oznaczać, że organizm może walczyć z jedną postacią wirusa HIV, ale nie będzie w stanie go rozpoznać ani zwalczyć w innych formach.
Dowiedzenie się więcej o odpowiedzi immunologicznej organizmu może skutkować szczepieniem przeciwko HIV w późniejszym czasie, ale wielu naukowców uważa, że nie jesteśmy tak blisko osiągnięcia tego celu. Jednak w przypadku wielu chorób nowe szczepionki mogą znacznie zmniejszyć ryzyko poważnych chorób. Nowa szczepionka przeciwko wirusowi brodawczaka ludzkiego jest znaczącym krokiem w kierunku zmniejszenia zachorowalności na raka szyjki macicy.