Zarówno oprogramowanie szpiegujące, jak i wirusy niszczą oprogramowanie komputerowe lub pliki znane jako złośliwe oprogramowanie, ale rozprzestrzeniają się w inny sposób. Ważną różnicą między oprogramowaniem szpiegującym komputer a wirusem jest to, że oprogramowanie szpiegujące szpieguje działania komputera, często wysyłając informacje o użytkowniku do strony trzeciej, podczas gdy wirus nie. Kolejną istotną różnicą jest to, że w przeciwieństwie do oprogramowania szpiegującego, wirus często tworzy swoje kopie i próbuje użyć jednego komputera do rozprzestrzeniania wirusa na inne. Chociaż oba mogą negatywnie wpłynąć na działanie komputera, oprogramowanie szpiegujące rzadko dąży do uszkodzenia systemu, podczas gdy wirusy często powodują znacznie trwalsze szkody.
Oprogramowanie szpiegujące i wirusy są zwykle ładowane na komputer bez wiedzy użytkownika i uruchamiane bez jego wiedzy lub zgody. Typowym sposobem dostarczania oprogramowania szpiegującego jest pakiet z innymi plikami lub programami, które użytkownik komputera wybiera do pobrania. Oprogramowanie szpiegujące wkrada się do systemu użytkownika wraz z żądanym materiałem. Wirusy są jednak najczęściej rozprzestrzeniane jako załączniki do wiadomości e-mail lub wiadomości błyskawicznych, chociaż mogą być również ukryte w pobranych materiałach.
Chociaż oba mogą wyrządzić szkodę komputerowi, kolejną różnicą między oprogramowaniem szpiegującym a wirusem jest główny cel złośliwego oprogramowania. Oprogramowanie szpiegujące zostało zaprojektowane w celu rejestrowania działań użytkownika komputera i przekazywania tych informacji osobom trzecim. Może śledzić nawyki użytkownika dotyczące korzystania z komputera i przekazywać informacje reklamodawcom i innym osobom. Inne, bardziej niebezpieczne użycie może wykraść prywatne informacje, takie jak adresy e-mail, hasła, numery kart kredytowych i inne ważne dane osobowe, i przekazać je hakerowi lub złodziejowi tożsamości.
Głównym celem wirusa jest kopiowanie i rozprzestrzenianie się. Często powiela się wiele razy, zużywając w ten sposób zasoby komputera i powodując awarię systemu. Inną powszechną taktyką wirusów jest dostęp do książki adresowej e-mail użytkownika komputera i wysyłanie swoich kopii na wszystkie adresy. Może również próbować użyć innych metod transmisji, w których jeden komputer komunikuje się z innym, takich jak usługi udostępniania plików i wiadomości błyskawiczne. Oprogramowanie szpiegujące nie tworzy własnych kopii ani nie przenosi się na inne komputery przy użyciu zainfekowanego systemu.
Inną różnicą między oprogramowaniem szpiegującym a wirusem jest intencja autora. Autor oprogramowania szpiegującego zwykle chce zebrać informacje, które zostaną wykorzystane do różnych celów. Oprogramowanie szpiegujące wymaga systemu operacyjnego, aby to osiągnąć, więc rzadko szkodzi komputerowi, chociaż wykorzystuje zasoby komputera i może spowolnić jego działanie. Wirusy często są pisane z bardziej destrukcyjnymi intencjami i często sprawiają, że systemy i sieci komputerowe nie nadają się do użytku. Po rozprzestrzenieniu się wirusy często powodują trwałe uszkodzenia systemu operacyjnego i sprzętu.