Chociaż Linux® i Windows® to systemy operacyjne przeznaczone do użytku na komputerze osobistym, istnieje między nimi wiele różnic. Podstawową różnicą między systemami Linux® i Windows® jest dostępność kodu. Linux® działa na licencji GNU Public License, co oznacza, że jego kod źródłowy jest dostępny dla każdego, kto powinien go zbadać lub zmienić. Osoba musiałaby być w jakiś sposób powiązana z Microsoft, firmą produkującą Windows®, aby zobaczyć kod tego systemu operacyjnego.
Kolejną kluczową różnicą między systemami Linux® i Windows® jest liczba dostępnych wersji. Microsoft jest jedyną firmą, która produkuje system operacyjny Windows®, podczas gdy kilku producentów tworzy wersje Linux®. Osoba, która zdecyduje się zainstalować system Linux® na swoim komputerze, może wybierać spośród Red Hata, Ubuntu, Debiana i wielu innych firm.
Dostępność aktualizacji różni się również w systemach Linux® i Windows®. Nowa wersja Windows® pojawia się zwykle co kilka lat, ponieważ Windows 98® zastąpił Windows 95®, a Windows Vista® w 2006 roku zastąpił XP®, który został wydany w 2001 roku. Nowe wersje Linuksa®, znane jako dystrybucje, mają tendencję wychodzić co pół roku. Zamiast kupować zupełnie nowy system operacyjny, użytkownik systemu Linux® może zwykle pobrać i zainstalować nową dystrybucję ze swojego menedżera aktualizacji. Instalacja systemu Linux® i jego nowych dystrybucji jest zwykle bezpłatna.
Zainstalowanie nowej dystrybucji z menedżera aktualizacji zachowuje pliki i preferencje danej osoby. Osoba korzystająca z systemu Windows® i potrzebująca uaktualnienia może również zwykle zachować swoje pliki i dane, uaktualniając jedną wersję do drugiej. Prosta aktualizacja nie zawsze jest jednak możliwa. W niektórych przypadkach może być konieczne całkowite odinstalowanie starszej wersji systemu Windows®, a następnie zainstalowanie nowej, co spowoduje utratę danych.
Obsługa zagrożeń bezpieczeństwa różni się w systemach Linux® i Windows®. Ponieważ Linux® jest oprogramowaniem typu open source i każdy może uzyskać dostęp do kodu, aby go naprawić, problemy z bezpieczeństwem są rozwiązywane, a nowy kod jest publikowany znacznie częściej niż w przypadku systemu Windows®. Windows® zwykle publikuje poprawki błędów i poprawki bezpieczeństwa co miesiąc, a rozwiązanie problemów zajmuje więcej czasu. Niższe tempo naprawy naruszeń bezpieczeństwa daje hakerom i innym osobom o złych zamiarach większe okno, w którym mogą atakować komputery niczego niepodejrzewających.
Linux® i Windows® różnią się także sposobem prezentowania danych użytkownikowi. Chociaż oba systemy operacyjne umożliwiają użytkownikowi wybór między interfejsem wiersza poleceń a tak zwanym graficznym interfejsem użytkownika (GUI), interfejs wiersza poleceń zawiera tylko tekst i może być znany użytkownikom systemu Windows® jako MS-DOS. GUI to pulpit z ikonami i obrazami, które zna wielu użytkowników komputerów. Linux® ma zwykle więcej opcji dla swoich użytkowników, zarówno dla GUI, jak i wiersza poleceń.