UNIX® i Linux® to dwa rodzaje systemów operacyjnych, które mogą być bardzo podobne z punktu widzenia użytkownika, ale wewnętrznie bardzo się różnią. Jądra systemu operacyjnego (OS) mają inną strukturę i wymagają różnych sterowników urządzeń. Systemy operacyjne Linux® są często całkowicie oprogramowaniem typu open source, podczas gdy wiele implementacji systemu UNIX® nie. Systemy UNIX® i Linux® są często używane przez firmy, rządy i studentów do wykonywania różnorodnych zadań obliczeniowych. Są one również używane w wielu urządzeniach przenośnych, takich jak telefony komórkowe, palmtopy (Personal Digital Assistants) i netbooki.
Oryginalny system operacyjny UNIX® został opracowany w American Telephone and Telegraph Company (AT&T) w 1969 roku. W latach siedemdziesiątych AT&T udzielała licencji na system operacyjny i jego kod źródłowy wielu firmom komercyjnym, a także rządom Stanów Zjednoczonych i instytucjom edukacyjnym. Wiele odmian zostało opracowanych poza AT&T, po części z powodu reakcji na rosnące przez firmę opłaty kontrolne i licencyjne. Niektóre z tych wariantów są bardziej zgodne z nieformalnymi standardami UNIX® z lat 1970. i 1980. niż inne. UNIX® jest dość szerokim terminem i często jest powiązany z podobnymi, ale nie ustandaryzowanymi wersjami systemu operacyjnego.
Berkeley Software Distribution (BSD) to konkurencyjna wersja systemu UNIX® opracowana na Uniwersytecie Kalifornijskim w Berkeley. Bezpłatna odmiana o otwartym kodzie źródłowym o nazwie 386BSD została po raz pierwszy wydana w 1992 roku, rok po tym, jak Linus Torvalds zaczął pisać pierwsze jądro Linux®. Większość implementacji systemu UNIX® nie jest oprogramowaniem typu open source, co stanowi główną różnicę między systemami UNIX® i Linux®. UNIX® jest często sprzedawany z dość restrykcyjną licencją, która obejmuje dużą opłatę szacowaną na użytkownika lub witrynę. W przeciwieństwie do tego, systemy Linux® są zwykle rozpowszechniane za darmo z kodem źródłowym na liberalnych warunkach GNU General Public License (GPL).
System operacyjny Linux® został opracowany długo po osiągnięciu dojrzałości UNIX®. UNIX® i Linux® mają wiele takich samych koncepcji, a dołączone do nich narzędzia programowe zapewniają podobną funkcjonalność. Projekt i implementacja jądra Linux® i innego oprogramowania systemu operacyjnego różni się jednak od UNIX®. Wiele narzędzi, kompilatorów i edytorów opracowanych przez Projekt GNU jest rozpowszechnianych z systemem operacyjnym Linux®. Celem GNU jest stworzenie i utrzymanie systemu wolnego oprogramowania zgodnego z UNIX®, w tym jądra.
Jądro Linux® stworzone przez Torvaldsa, rozpowszechniane na warunkach GNU GPL, jest podstawą wszystkich systemów Linux®. Jest na ogół mniejszy i bardziej wydajny niż większość jąder UNIX®, zaprojektowany od podstaw tak, aby był bardzo podobny do UNIX®. Jednak sterowniki urządzeń, systemy plików i inne elementy wewnętrzne systemu operacyjnego są zupełnie inne. Dlatego systemy UNIX® i Linux® wymagają oddzielnych sterowników dla każdego urządzenia, ponieważ nie są one kompatybilne pod tym względem.
Interfejsy użytkownika często różnią się również w systemach UNIX® i Linux®. UNIX® tradycyjnie używa tekstowego interfejsu wiersza poleceń, który jest również dostępny w systemie Linux®. Wielu programistów stworzyło w pełni funkcjonalne systemy graficznego interfejsu użytkownika (GUI) dla systemu Linux®, z których niektóre zostały również przeniesione do systemu UNIX®.
Jądra Linux®, narzędzia GNU i związane z nimi darmowe oprogramowanie są stale wspierane i ulepszane przez dużą społeczność programistów open source. W przeciwieństwie do tego, każda wersja UNIX® ma zwykle własną małą, wyspecjalizowaną grupę programistów, z których większość pracuje dla określonego dostawcy UNIX®. Wsparcie dla systemu UNIX® jest często dostępne tylko w ramach umowy o płatne wsparcie ze sprzedawcą lub stroną trzecią.