Progesteron i cykl menstruacyjny są ze sobą ściśle powiązane, ponieważ miesiączka nie mogłaby wystąpić bez tego hormonu. Progesteron współpracuje z estrogenem, aby pogrubić wyściółkę macicy, a nagły spadek progesteronu powoduje jego zrzucenie w okresie menstruacyjnym, jeśli ciąża nie wystąpi. Hormon ten jest również ważny w przypadku zajścia w ciążę, ponieważ wysoki poziom progesteronu zapewnia prawidłowy rozwój płodu. Ponadto brak równowagi między progesteronem a estrogenem może prowadzić do zespołu napięcia przedmiesiączkowego (PMS). Niektóre kobiety wykorzystują związek między progesteronem a cyklem menstruacyjnym na swoją korzyść, ponieważ ten hormon może zarówno zapobiegać, jak i poprawiać ciążę, gdy obecne są różne ilości.
Podczas folikularnej fazy menstruacji poziomy zarówno progesteronu, jak i estrogenu są dość niskie, ale później wzrastają, estrogenu w fazie owulacji i progesteronu w fazie lutealnej. Gdy nowe jajo dojrzewa w pęcherzyku, progesteron i estrogen pomagają pogrubić wyściółkę macicy w przypadku zajścia w ciążę, aby zarodek mógł się prawidłowo zagnieździć. Ponadto poziom progesteronu pozostaje wysoki, aby umożliwić prawidłowy rozwój płodu i krążenie krwi w macicy. Innym zadaniem tego hormonu podczas ciąży jest tworzenie śluzu, który chroni płód przed bakteriami wchodzącymi do macicy. Brak tego hormonu może spowodować poronienie, dlatego zarówno progesteron, jak i cykl menstruacyjny są ważne dla kobiet, które chcą nosić dziecko do terminu.
Poziom progesteronu wzrasta po owulacji, a jeśli ciąża nie występuje, poziom progesteronu nagle spada, powodując złuszczanie wyściółki macicy podczas menstruacji. Jednak tuż przed spadkiem progesteronu wiele kobiet cierpi na zespół napięcia przedmiesiączkowego, który jest wynikiem braku równowagi hormonalnej. Poziom progesteronu często rośnie w tym momencie, co może powodować, że kobiety czują się bardziej głodne niż zwykle. Wiele kobiet skarży się również na wzdęcia tuż przed miesiączką w wyniku tendencji progesteronu do magazynowania wody i soli w nerkach. Ponadto kobiety często zauważają większe, jędrniejsze piersi, ponieważ tkanka powiększa się w wyniku działania tego hormonu, co jest po prostu kolejnym sposobem, w jaki progesteron współdziała z cyklem miesiączkowym, nawet jeśli ciąża nie wystąpiła.
Niektóre kobiety wykorzystują związek między progesteronem a cyklem menstruacyjnym, dodając więcej tego żeńskiego hormonu do swojego ciała, aby osiągnąć różne wyniki. Na przykład niektóre kobiety mogą zapobiegać poronieniom wynikającym z niskiego poziomu progesteronu, przyjmując tabletki, zastrzyki lub czopki zawierające ten hormon. Inne kobiety, które próbują zapobiec ciąży, stosują tabletki antykoncepcyjne zawierające wyłącznie progesteron, które mogą zagęszczać śluz szyjki macicy, przez co plemnikom trudno jest dotrzeć do szyjki macicy. Może również rozrzedzać wyściółkę macicy, ponieważ wzrost tego hormonu, po którym następuje nagły spadek, zapobiega nadmiernemu zagęszczaniu wyściółki. Tabletki antykoncepcyjne zawierające wyłącznie progesteron mają mniej skutków ubocznych niż tabletki złożone, które również zawierają estrogen, co czyni je atrakcyjnymi dla niektórych kobiet. Kobiety powinny wybrać najlepsze leczenie w oparciu o porady i nadzór lekarza.