Na skuteczność prezerwatywy wpływa kilka czynników, zwłaszcza sposób noszenia i używania prezerwatywy zarówno męskiej, jak i żeńskiej. Wiek i stan prezerwatywy mogą również ograniczać jej zdolność do zapobiegania chorobom przenoszonym drogą płciową (STD) i ciąży. Czynniki te mogą znacznie zwiększyć szanse na niezamierzoną ciążę.
Badania wykazały, że wielu mężczyzn nie zakłada prezerwatywy lub nie nosi jej prawidłowo. Zbyt szorstkie założenie męskiej prezerwatywy lub na drugą stronę może ją rozerwać lub osłabić, zmniejszając skuteczność prezerwatywy. Używanie prezerwatywy, która jest za mała lub za duża, może również ograniczyć jej zdolność do zapobiegania ciąży i chorobom przenoszonym drogą płciową. Prezerwatywa, która jest zbyt ciasna lub założona bez wystarczającej ilości miejsca na czubku, może zwiększyć ryzyko rozdarcia lub złamania; prezerwatywa, która jest za duża, jest bardziej podatna na odpadnięcie lub rozlanie. Z tego powodu mężczyźni powinni kupować i używać prezerwatyw w odpowiednim rozmiarze i używać ich dokładnie tak, jak mówi opakowanie.
Podobne problemy mogą mieć prezerwatywy dla kobiet. Używanie źle dopasowanej prezerwatywy dla kobiet może powodować jej poruszanie się podczas stosunku, zwiększając prawdopodobieństwo zajścia w ciążę i zarażenie się chorobą przenoszoną drogą płciową. Prezerwatywy dla kobiet są zwykle uważane za mniej skuteczne niż prezerwatywy dla mężczyzn o 5 do 10 procent.
Prawdopodobnie jednym z największych czynników wpływających na skuteczność prezerwatywy jest jej używanie. Aby ten rodzaj antykoncepcji zapewniał optymalną ochronę, należy go nosić przed jakąkolwiek penetracją i podczas całego aktu. Zakładanie prezerwatywy po rozpoczęciu stosunku może znacznie zwiększyć ryzyko przeniesienia lub zarażenia się chorobą przenoszoną drogą płciową oraz ryzyko zajścia w ciążę.
Zarówno w przypadku odmian męskich, jak i żeńskich skuteczność prezerwatyw zależy w dużej mierze od jakości prezerwatywy. Każda prezerwatywa ma datę ważności wydrukowaną na pudełku i opakowaniu każdej prezerwatywy. Używanie starej prezerwatywy może zwiększyć ryzyko jej złamania lub powstania w niej łez lub dziur. Sprawdzenie daty na opakowaniu przed każdym użyciem może pomóc w wyeliminowaniu tego problemu.
Nawet przed upływem terminu ważności prezerwatywa może ulec uszkodzeniu. Prezerwatywy należy przechowywać w chłodnym, suchym miejscu wewnątrz opakowania aż do momentu użycia. Trzymanie go w portfelu, torebce lub samochodzie może narazić go na wysokie temperatury i ewentualne uszkodzenia przez inne przedmioty, zmniejszając skuteczność prezerwatywy. Prezerwatywy nie należy nigdy wystawiać na bezpośrednie działanie promieni słonecznych ani przechowywać w pobliżu źródeł ciepła, ponieważ mogą one uszkodzić ich integralność.
Prezerwatywa powinna być sprawdzona przed użyciem i powinna być użyta tylko raz. Jeśli prezerwatywa jest żółta, pękająca lub sucha, nie należy jej używać. Badania wykazały, że gdy prezerwatywa dla mężczyzn jest stosowana perfekcyjnie, dwie na 100 kobiet zachodzą w ciążę. Gdy jest używany niepoprawnie, liczba ta przeskakuje na każde 15 na 100 kobiet. Prawidłowo stosowana prezerwatywa kobieca powoduje zajście w ciążę u pięciu na 100 kobiet; przy niewłaściwym stosowaniu ciąża skutkuje u 21 na 100 kobiet.