Powikłania cewnikowania zależą od obszaru ciała, w którym umieszczany jest cewnik oraz od tego, czy cewnik jest założony na krótko czy długo. Lista najczęstszych powikłań cewnikowania obejmuje infekcje, uszkodzenia tkanek, zablokowanie, uszkodzenie naczyń krwionośnych, zatrucie krwi i alergie. Infekcja jest uniwersalnym powikłaniem typów cewników zakładanych wewnętrznie.
Cewniki układu moczowego są wprowadzane do cewki moczowej lub umieszczane na zewnątrz wokół prącia w celu opróżnienia pęcherza moczowego. W przypadku cewników umieszczanych wewnętrznie najczęstszymi powikłaniami cewnikowania są infekcje dróg moczowych, zablokowanie i urazy tkanek. Zablokowanie jest spowodowane solami mineralnymi wytwarzanymi przez mikroorganizmy wchodzące w interakcje z osadami moczu i może powodować dyskomfort. Cewniki założone na stałe mogą również powodować zatrucie krwi, infekcje nerek i uszkodzenie nerek, chociaż te działania niepożądane są rzadsze. Lateks w cewnikach, które owijają się wokół penisa, może u niektórych pacjentów powodować reakcje alergiczne.
Do układu żylnego wprowadzane są również cewniki do przenoszenia płynów odżywczych i leków. Cewniki można wprowadzać do obwodowego układu żylnego, np. w ręce, w celu przenoszenia płynów dożylnych lub leków. Cewnik może być również cewnikiem umieszczonym w żyle centralnej, który jest umieszczany w głównej żyle w pobliżu lub w sercu. Najczęstsze powikłania wprowadzenia do żyły centralnej to infekcja, tworzenie się skrzepów krwi i zablokowanie rurki. Cewniki do żyły obwodowej mają te same problemy, co cewniki do żyły centralnej, ale częściej powodują zapalenie żył, niż cewniki do żyły centralnej.
Cewniki można również wprowadzić przez naczynia krwionośne do serca. W takim przypadku lekarz może spowodować ból i krwawienie przy wprowadzaniu rurki. Chociaż ból może być tak lekki jak normalny dyskomfort, może być również wynikiem przypadkowego uszkodzenia naczynia krwionośnego – uszkodzenia, które może być tak rozległe, jak dziury w naczyniu, gdy lekarz manewruje cewnikiem do serca. Pacjent może być również uczulony na barwnik stosowany w procedurze cewnikowania serca.
Dziecko może mieć założony cewnik pępowinowy, jeśli potrzebuje stałych płynów odżywczych, leków lub jeśli jego lekarz musi regularnie pobierać próbki krwi. Jednym z najczęstszych powikłań cewnikowania w takich sytuacjach jest infekcja. Cewnik pępowinowy może również ograniczać przepływ krwi do jednej z kończyn lub narządów dziecka. W rurce może również powstać skrzep krwi, który może być śmiertelny.