Chociaż chirurgia laparoskopowa powoduje mniejsze uszkodzenia tkanek niż chirurgia otwarta, jak w przypadku każdego zabiegu chirurgicznego, istnieje ryzyko powikłań. Chociaż wiele z tych powikłań jest niewielkich i łatwych do opanowania, pojawiają się one w 1-5 procent wszystkich operacji laparoskopowych, a śmiertelność z powodu powikłań laparoskopowych wynosi około 0.05 procent. Niektóre z najczęstszych powikłań wynikają z niepożądanej reakcji na znieczulenie, która może obejmować powikłania oddechowe i arytmię serca. Inne częste powikłania laparoskopowe to infekcja, zapalenie płuc, zapalenie oskrzeli, nadmierne krwawienie i tworzenie się blizny. Powikłania te mogą wystąpić po operacji otwartej lub laparoskopowej, ale są mniej powszechne po laparoskopii.
Operacja laparoskopowa może spowodować uszkodzenie jelit, narządów jamy brzusznej, żył i tętnic. Niedoświadczeni chirurdzy mogą nieumyślnie przebić jelita lub inne części przewodu pokarmowego za pomocą długich, spiczastych narzędzi chirurgicznych, których używają. Chociaż te urazy są rzadkie, mogą prowadzić do potencjalnie niebezpiecznego stanu zwanego zapaleniem otrzewnej, którym jest zapalenie otrzewnej. W niektórych przypadkach konieczna jest dalsza operacja z użyciem większego nacięcia, aby naprawić uszkodzoną tkankę lub zatrzymać krwawienie.
Pacjenci mogą również cierpieć z powodu niezauważonych oparzeń elektrycznych spowodowanych przez elektrody, które przepuszczają prąd do otaczającej tkanki. Te oparzenia mogą prowadzić do zapalenia otrzewnej. Aktywne monitorowanie elektrod eliminuje ryzyko niezamierzonych wewnętrznych oparzeń elektrycznych.
Pacjenci z zaburzeniami krzepnięcia krwi lub z bliznami w wyniku wcześniejszych operacji są bardziej narażeni na powikłania laparoskopowe. Pacjenci, u których wskaźnik masy ciała jest poniżej średniej, są również bardziej zagrożeni. Ich chirurdzy mogą zamiast tego zdecydować się na operację otwartą, ze względu na te czynniki.
Gazowy dwutlenek węgla, który jest używany do napełnienia jamy brzusznej podczas operacji, może również powodować powikłania laparoskopowe. Zimny, suchy gaz może powodować hipotermię i uraz otrzewnej. Ryzyko to zmniejsza się poprzez nawilżanie i podgrzewanie gazowego dwutlenku węgla.
Pacjenci z zaburzeniami oddychania mogą nie tolerować rozszerzania jamy brzusznej za pomocą dwutlenku węgla, co wymaga otwartej operacji. Kolejne powikłanie jest spowodowane pozostawaniem gazowego dwutlenku węgla w jamie brzusznej po operacji. Pęcherzyk gazu może unosić się w jamie brzusznej i naciskać na przeponę, powodując ból podczas oddychania pacjenta. Zwykle jest to stan przejściowy, łagodzony, gdy tkanki ciała wchłoną nadmiar gazu.
Innym potencjalnie poważnym powikłaniem laparoskopowym, które wynika z nieprawidłowego zamknięcia miejsc portów większych niż 0.4 cala (10 mm) stosowanych do wprowadzania narzędzi chirurgicznych podczas operacji, jest przepuklina po nacięciu jelita. Bardzo ważne jest, aby powięź była prawidłowo zamknięta. Objawy przepukliny jelit obejmują okresowe nudności i wymioty.
Infekcja jest kolejnym powszechnym powikłaniem laparoskopii. W przypadku infekcji zwykle podaje się antybiotyk. Aby uniknąć powikłań laparoskopowych, niektórzy chirurdzy przepisują antybiotyki przed operacją, gdy istnieje zwiększone ryzyko infekcji z powodu niewystarczającej odpowiedzi immunologicznej pacjenta.