Operacja pomostowania żołądka stanowi rozwiązanie dla wielu osób, które zmagają się z otyłością, ale istnieją pewne niekorzystne skutki, które są często związane z zabiegiem. Wśród najczęstszych problemów z pomostowaniem żołądka należy wymienić zespół pośladkowy, który występuje, gdy żołądek opróżnia się zbyt szybko, oraz odwodnienie, które występuje, gdy pacjent nie pije wystarczającej ilości wody. Niestrawność może być również szczególnym problemem dla pacjentów z pomostowaniem żołądka. Dodatkowo niektórzy pacjenci doświadczają tymczasowej utraty włosów po operacji pomostowania żołądka.
Jednym z najczęstszych problemów z pomostowaniem żołądka jest zespół posypywania. Kiedy dana osoba ma zespół dumpingu, jego żołądek szybko się opróżnia, a niestrawiony pokarm przemieszcza się do jelita cienkiego. W większości przypadków dzieje się tak u pacjenta z pomostowaniem żołądka wkrótce po zjedzeniu. Objawy choroby obejmują nudności, skurcze brzucha i kołatanie serca. Osoba może również stać się słaba, zaczerwieniona lub mieć zawroty głowy w wyniku zespołu dumpingu.
Odwodnienie jest również jednym z najczęstszych problemów z pomostowaniem żołądka. Po operacji pomostowania żołądka większość ludzi musi pić dużo wody; lekarz może zasugerować pacjentom wypicie około 2 litrów (67.62 uncji) wody dziennie po operacji pomostowania żołądka. Jeśli dana osoba tego nie zrobi, może się odwodnić, odczuwać mdłości i wymiotować. W wielu przypadkach nudności i wymioty tylko pogarszają odwodnienie pacjenta. Czasami odwodnienie po pomostowaniu żołądka może stać się tak poważne, że pacjent musi być hospitalizowany i otrzymywać płyny dożylnie.
Niestrawność jest również jednym z najczęstszych problemów z pomostowaniem żołądka. Niestrawność występuje, gdy organizm nie trawi pokarmu prawidłowo lub ma z tym trudności. Powoduje takie nieprzyjemne objawy jak uczucie pieczenia czy łagodny do silnego ból w nadbrzuszu. Ponadto niektórzy ludzie czują się syci, gdy jeszcze jedzą, czują się nadmiernie syci po jedzeniu, stają się wzdęciami lub odczuwają mdłości, gdy mają niestrawność.
Niektórzy pacjenci mogą również tracić włosy, gdy przeszli operację pomostowania żołądka. Może to oznaczać tylko niewielką utratę włosów lub znaczną ilość, w zależności od pacjenta. Dzieje się tak zazwyczaj z powodu niedoboru składników odżywczych, który rozwija się po operacji. Może również wystąpić jako część reakcji organizmu na szybką utratę wagi, której doświadcza pacjent po operacji pomostowania żołądka. Wielu pacjentów uważa, że przyjmowanie suplementów pomaga z tym nieprzyjemnym efektem, a większość osób widzi koniec tego problemu kilka miesięcy po zabiegu.