Przyczyny dysleksji nie są jeszcze w pełni poznane, ale uważa się, że są w dużej mierze dziedziczne. Inne przyczyny dysleksji mogą obejmować upośledzenie słuchu we wczesnym dzieciństwie, które może powodować, że bardzo małe dzieci nie rozumieją odpowiednich dźwięków słów i liter. Niektórzy eksperci uważają, że dysleksja występuje z powodu różnic w strukturze lub funkcjach mózgu. Mózgi osób z dysleksją mogą próbować przetwarzać język mówiony i pisany po prawej stronie mózgu, podczas gdy mózgi osób, które nie mają dysleksji, próbują przetwarzać język po lewej stronie. Inni uważają, że dysleksja pojawia się, gdy mózg jako całość po prostu nie tworzy się prawidłowo, lub że kombinacja wszystkich tych czynników może być odpowiedzialna za dysleksję.
Niektórzy eksperci uważają, że upośledzenie słuchu u bardzo małych dzieci może powodować dysleksję. Argumentem za tą teorią jest to, że te małe dzieci źle słyszą i błędnie interpretują dźwięki języka i mogą mieć problemy z dopasowaniem liter do ich poprawnych dźwięków.
Inni uważają, że problemy z rozwojem lub funkcjonowaniem mózgu są jedną z głównych przyczyn dysleksji. Niektórzy badacze uważają, że mózgi osób z dysleksją po prostu nie formują się odpowiednio, przez co nie tworzą się połączenia nerwowe niezbędne do normalnego rozumienia języka. Jeszcze inni uważają, że mózgi osób z dysleksją próbują interpretować język po prawej stronie mózgu. Uważa się, że mózgi normalnych ludzi interpretują język po lewej stronie mózgu, więc osoba, która używa prawej półkuli do interpretacji języka, może być w bardzo niekorzystnej sytuacji.
Uważa się, że dziedziczność jest jedną z głównych przyczyn dysleksji. Naukowcy są przekonani, że w rozwój tej choroby może być zaangażowana kombinacja genów. Stwierdzono ponadto, że bliźnięta jednojajowe osób z tym schorzeniem zwykle również cierpią na to schorzenie. Osoby z dysleksją zazwyczaj mają niepełnosprawnego rodzica, dziadka, ciotkę, wujka lub rodzeństwo. Wielu badaczy przyznaje jednak, że przyczyny dysleksji pozostają tajemnicze i że niektóre lub wszystkie z tych czynników, a także czynniki jeszcze niezidentyfikowane, mogą być odpowiedzialne za tę chorobę.