Przyczyny szmerów serca dzielą się na dwa typy: „niewinne” i „nienormalne”. Najczęstsze przyczyny niewinnych szmerów serca to wyczerpanie fizyczne, gorączka i zaburzenia równowagi hormonalnej. Z drugiej strony przyczyny nieprawidłowego szmeru serca są znacznie poważniejsze i należy im zapewnić pomoc lekarską. Wrodzone wady serca, infekcje i pogrubienie zastawek serca należą do najczęstszych nieprawidłowych przyczyn.
Jeśli przyczyna jest niewinna, szmery serca nie stanowią zagrożenia dla zdrowia i z czasem ustępują. W niewinnych szmerach serca powstający hałas to dźwięk krwi przepływającej przez zdrowe serce, bez towarzyszących objawów lub oznak wskazujących na chorobę serca. Dodatkowe dźwięki są naturalną konsekwencją aktywności fizycznej lub gorączki. W niektórych przypadkach niedokrwistość i nadczynność tarczycy mogą powodować szmery serca. Ciąża może również wywołać burzliwy przepływ krwi, ponieważ organizm wytwarza więcej krwi, aby odżywić płód.
Niewinny szmer serca nie wpływa negatywnie na ogólne samopoczucie i zwykle zanika z czasem. U zdrowych dzieci szmery serca są łatwe do wykrycia, ponieważ między sercem a stetoskopem znajduje się mniej tkanki fizycznej, co może wywołać niepokój niedoinformowanych rodziców. Gdy dzieci dorastają, odgłosy stają się coraz trudniejsze do usłyszenia.
Nieprawidłowe przyczyny szmeru serca obejmują nabytą chorobę zastawki serca i wrodzoną wadę serca. Choroba zastawkowa serca jest jedną z najczęściej zgłaszanych przyczyn szmerów serca u dorosłych. Jest to zwykle spowodowane stanem pokrewnym, który niszczy zastawki, takim jak blizna po uszkodzeniu serca, zaawansowane nadciśnienie lub miażdżyca. Gorączka reumatyczna spowodowana nieleczonym zakażeniem paciorkowcami może również uszkodzić zastawkę serca. Dorośli, u których wcześniej rozwinęła się choroba zastawki serca, są podatni na infekcję bakteryjną zwaną infekcyjnym zapaleniem wsierdzia, która tworzy skrzepy krwi na powierzchni zastawki i sprawia, że szmery serca są bardziej widoczne.
U dzieci najczęstszymi przyczynami nieprawidłowych szmerów serca są wrodzone wady serca, deformacje budowy serca wynikające z błędów w rozwoju prenatalnym. Te wady strukturalne często obejmują wewnętrzne ściany serca, zastawki oraz tętnice i żyły, które pompują krew w całym ciele. Wiele wad wrodzonych jest prostych i nie stwarzają poważnych zagrożeń; wiele dzieci urodzonych z tym problemem nadal prowadzi zdrowe, produktywne życie. Jednak niektóre przypadki mogą stanowić poważne zagrożenie dla zdrowia pacjenta i wymagają pomocy medycznej wkrótce po urodzeniu. W zależności od stopnia uszkodzenia, wiele dzieci cierpiących na złożone wrodzone problemy z sercem będzie wymagało specjalnej opieki do końca życia.