Istnieje wiele różnych wskazówek i sugestii dotyczących usuwania programów szpiegujących i wirusów z komputera. Utrzymanie aktualnego programu antywirusowego jest jedną z najważniejszych wskazówek dotyczących zapobiegania i usuwania programów szpiegujących i wirusów. Po zainfekowaniu komputera często może być konieczne usunięcie oprogramowania szpiegującego lub wirusa z komputera poprzez uruchomienie systemu w trybie awaryjnym lub z dysku. Chociaż prawdopodobnie nie ma zastosowania do usuwania programów szpiegujących i wirusów z komputera, jedną z najlepszych wskazówek dla użytkowników komputerów jest wyćwiczenie ostrożnych nawyków korzystania z komputera, aby przede wszystkim uniknąć większości złośliwego oprogramowania.
Usuwanie programów szpiegujących i wirusów może być jedną z najtrudniejszych i najbardziej nieprzyjemnych czynności, jakie użytkownik komputera kiedykolwiek będzie musiał podjąć. Po zainstalowaniu się złośliwego oprogramowania na komputerze, usunięcie tego oprogramowania może być dość trudne i może wymagać dużego wysiłku. Na komputerze powinien być zainstalowany doskonały program antywirusowy, który powinien być aktualizowany. Nowe wirusy i oprogramowanie szpiegujące są wykrywane z alarmującą częstotliwością; aby zapewnić prawidłowe usuwanie oprogramowania szpiegującego i wirusów z systemu, program antywirusowy w tym systemie musi być w stanie zidentyfikować nowe złośliwe oprogramowanie na komputerze.
Złośliwemu oprogramowaniu często udaje się nie tylko zmienić sposób działania komputera, ale także ukryć się w systemie komputerowym i utrudnić usuwanie programów szpiegujących i wirusów. Można to zrobić na wiele różnych sposobów, chociaż jednym z najczęstszych jest ukrywanie przez program antywirusowy dla siebie operacji instalacji w priorytetach rozruchu systemu operacyjnego (OS). Po wykonaniu tej czynności, jeśli wirus zostanie usunięty z komputera, wirus zostanie ponownie zainstalowany po ponownym uruchomieniu komputera i ponownym uruchomieniu systemu operacyjnego. Aby obejść ten problem i zapewnić prawidłowe usuwanie programów szpiegujących i wirusów, komputer można uruchomić w trybie awaryjnym lub z dysku systemu operacyjnego, który omija instrukcje instalacji utworzone przez wirusa, a następnie można uruchomić program antywirusowy.
Dopóki wszystkie ważne dane na dysku twardym są prawidłowo ujęte w kopii zapasowej, usuwanie oprogramowania szpiegującego i wirusów można również ułatwić poprzez ponowne sformatowanie dysku. Jest to środek ekstremalny, ale jest to jeden ze sposobów na zapewnienie usunięcia złośliwego oprogramowania. Zazwyczaj łatwiej jest również całkowicie uniknąć usuwania programów szpiegujących i wirusów, praktykując bezpieczne nawyki komputerowe, zwłaszcza podczas korzystania z Internetu. Należy unikać dziwnych linków i podejrzanych wiadomości e-mail, a program antywirusowy, który skanuje strony internetowe i linki, może być całkiem korzystny.