Chociaż jest to stosunkowo rzadkie, niektórzy ludzie są uczuleni na pomidory i mogą doświadczać wielu nieprzyjemnych objawów podczas ich spożywania, szczególnie jeśli są one surowe. Objawy zwykle pojawiają się początkowo w jamie ustnej i wokół niej, przy czym usta, język i gardło najpierw stają się swędzące, a następnie często puchną. U niektórych osób może również wystąpić pokrzywka lub swędząca wysypka na innych obszarach skóry. Często występują również objawy żołądkowo-jelitowe, w tym nudności, wymioty i biegunka. Cięższa reakcja ogólnoustrojowa może powodować trudności w oddychaniu, omdlenia, a nawet wstrząs anafilaktyczny lub śmierć.
Pierwszym miejscem, w którym często pojawiają się objawy alergii na pomidory, jest obszar po raz pierwszy odsłonięty: usta. Często osoba alergiczna zaczyna odczuwać swędzenie na ustach i wokół nich, na języku, a nawet w gardle wkrótce po jedzeniu. Po tym często następuje obrzęk w tych samych obszarach. Szczególnie problematyczny może być obrzęk gardła, który może utrudniać oddychanie.
Alergia na pomidory może również powodować reakcję na skórze w innym miejscu ciała. Niektórzy ludzie rozwijają swędzącą pokrzywkę, która może pojawić się na części lub całej ich skórze. Mogą również mieć wysypkę, która może się utrzymywać, jeśli nie wyeliminują pomidorów z diety.
Podczas ataku alergicznego organizm może próbować pozbyć się alergenu za pomocą reakcji żołądkowo-jelitowej. Osoba alergiczna może odczuwać mdłości i zacząć wymiotować, aby wydostać pomidora. Może również mieć biegunkę jako część odpowiedzi organizmu.
W niektórych przypadkach alergia na pomidory może być ciężka i prowadzić do poważnych objawów. Często zdarza się również, że reakcja alergiczna zaczyna się dość łagodnie i pogarsza się z każdym kolejnym epizodem. Ci, którzy mają poważną alergię na pomidory, mogą świszczący oddech i mieć trudności z łapaniem oddechu. Może to prowadzić do spadku ciśnienia krwi, co może powodować zawroty głowy i omdlenia. Jeśli dziecko nie otrzyma szybko pomocy medycznej, reakcja może ostatecznie doprowadzić do wstrząsu anafilaktycznego, niewydolności serca lub układu oddechowego, a nawet śmierci.
Osoby z alergią na pomidory mogą również chcieć zachować ostrożność podczas spożywania roślin z tej samej rodziny. Dwie blisko spokrewnione produkty, które często powodują objawy u osób z alergią na pomidory, to ziemniaki i bakłażan. Tytoń jest również blisko spokrewniony z pomidorem, więc palenie może czasami prowadzić do reakcji alergicznej.