Peptydy to duże łańcuchy polipeptydowe składające się z maksymalnie 50 aminokwasów, które można sklasyfikować według funkcji, a także syntezy. Niektóre popularne typy peptydów sklasyfikowanych według funkcji obejmują hormony, neuropeptydy i alkaloidy. Po sklasyfikowaniu przez syntezę, peptydy mogą być rybosomalne, nierybosomalne i peptonowe. System klasyfikacji peptydów jest uważany za naukę niedoskonałą, ponieważ jeden peptyd może należeć do wielu grup jednocześnie, a naukowcy nadal debatują, kiedy peptyd powinien być sklasyfikowany jako białko, czy białko jako peptyd. Wielu naukowców zgadza się, że peptyd nie dopasowuje się łatwo do określonego wzoru, podczas gdy białko jest bardziej odmienne od konformacji.
Hormony, jedna z najczęstszych klasyfikacji peptydów w ludzkim ciele, to specyficzne cząsteczki przekaźnikowe, które są wykorzystywane w komunikacji komórkowej. Hormony są identyfikowane jako takie, ponieważ są wydzielane i syntetyzowane przez wyspecjalizowane zespoły komórek, zwane gruczołami dokrewnymi. Po sekrecji peptydy hormonalne wędrują do narządów docelowych, gdzie działają. Kształt hormonu jest specyficznie powiązany z receptorami na błonach komórkowych odpowiedniego narządu docelowego. Na przykład peptydy hormonalne glukagon i insulina mają określone miejsca receptorowe w wątrobie, które pomagają im kontrolować poziom cukru we krwi.
Neuropeptydy są szeroko rozpowszechnione w ośrodkowym i obwodowym układzie nerwowym organizmu i pełnią specyficzne funkcje hamujące i pobudzające. Neuropeptydy działają w podobny sposób jak neuroprzekaźniki, takie jak serotonina i dopamina. Jedną z najbardziej znanych klas neuropeptydów są endorfiny. Endorfiny są uważane za endogenne środki przeciwbólowe organizmu, często porównywane do morfiny.
Część funkcji endorfin obejmuje hamowanie innego neuropeptydu, substancji P, która przekazuje sygnały bólu z obwodowego układu nerwowego do odbiorników w ośrodkowym układzie nerwowym. Czasami neuropeptydy mogą również działać jako hormony w niektórych układach organizmu.
Jeśli chodzi o klasyfikację peptydów ze względu na ich syntezę, większość to peptydy typu rybosomalnego; ten typ peptydu jest syntetyzowany, gdy informacyjny kwas rybonukleinowy (mRNA) na komórce ulega translacji. Podczas translacji zachodzi proces chemiczny, w którym jedna grupa karboksylowa aminokwasu łączy się z innym aminokwasem, tworząc początek łańcucha aminokwasowego. Peptydy rybosomalne często składają się z 30 do 40 połączonych ze sobą aminokwasów. Nierybosomalny typ peptydu jest syntetyzowany, gdy obecne są katalizatory enzymatyczne. Peptony petonowe są rzadkie i powstają podczas procesów trawienia w organizmie.