Spośród ponad 450 gatunków rekinów na świecie około 200 jest uważanych za zagrożone przez Międzynarodową Unię Ochrony Przyrody (IUCN). Ponad 100 gatunków rekinów jest eksploatowanych komercyjnie przez ludzi, co dodatkowo przyczynia się do ich zagrożenia. W rzeczywistości niektóre populacje gatunków rekinów zmniejszyły się w ostatnich latach o ponad 90%, głównie z powodu działalności człowieka.
Dziesięć najbardziej zagrożonych rekinów, od najmniej do najbardziej zagrożonych, to:
rekin z Borneo, Carcharhinus borneensis
żarłacz białopłetwy , Hemitriakis leucoperiptera
niemych rekin żarłacz , Centrophorus harrissoni
rekin sztyletowy , Isogomphodon oxyrhynchus
koleń pręgowany, Mustelus fasciatus
anielski rekin, Squatina squatina
rekin z Nowej Gwinei, Glyphis sp. lis. C
rekin rzeczny Bizant, Glyphis sp. lis. A
rekin Pondicherry , Carcharhinus hemiodon
rekin Gagnes, Glyphis gangeticus
Jednym z głównych zagrożeń dla zagrożonych rekinów jest przełowienie. Wiele z najbardziej zagrożonych rekinów jest przełowionych, w tym rekin białopłetwy, rekin sztyletowy i rekin rzeczny Bizant. Rekiny są komercyjnie poszukiwane na swoje płetwy i chrząstki. W niektórych częściach Azji zupa z płetwy rekina jest uważana za przysmak, podczas gdy wielu uważa, że chrząstka rekina ma właściwości zdrowotne, w tym zwalczanie raka, leczenie zapalenia stawów i wzmacnianie odporności. Twierdzenia te nie są obecnie poparte mocnymi dowodami naukowymi, jednak wiele rekinów może ginąć na próżno.
Innym czynnikiem, który zagraża wielu zagrożonym wyginięciem rekinom, w tym rekinowi białopłetwemu i rekinowi rzecznemu Bizant, jest niszczenie siedlisk. Namorzyny to podwodne obszary przybrzeżne, które wiele gatunków rekinów zwykle wykorzystuje jako tereny lęgowe. Są to obszary roślinności wzdłuż linii brzegowych i mogą być uważane za podwodne lasy. W wielu częściach świata ludzie niszczą namorzyny, aby zrobić miejsce dla akwakultury lub hodowli gatunków wodnych. W rezultacie wiele rekinów nie ma miejsca na rozmnażanie się, a fakt, że na początku mają niski wskaźnik reprodukcji, tylko pogarsza problem.
Rekiny giną znacznie szybciej, niż są w stanie się rozmnażać. Ogólnie rzecz biorąc, rekiny potrzebują wielu lat, aby osiągnąć dojrzałość płciową i zazwyczaj rodzą niewiele potomstwa na raz. Jeśli nadal będą ubijane w obecnym tempie, niektóre gatunki prawdopodobnie wyginą w ciągu następnej dekady. Na przykład populacje niemych rekinów żarłocznych zmniejszyły się o 99% w ostatnich dziesięcioleciach i możliwe jest, że w przypadku gatunków rekinów rzecznych z Nowej Gwinei i Bizant istnieje mniej niż 250 osobników. Od 2010 roku obrońcy przyrody i zwolennicy rekinów stwierdzili, że należy podjąć natychmiastowe i krytyczne działania na rzecz zagrożonych rekinów, aby zapewnić im przetrwanie.