Celem zarządzania siedliskami jest znalezienie najlepszego możliwego połączenia między zamieszkiwaniem człowieka a naturą. Operacje ochrony dzikiej przyrody mają na celu zachowanie równowagi, chroniąc zagrożone rośliny i zwierzęta przed ingerencją człowieka. I odwrotnie, wiele programów gospodarki leśnej wykorzystuje interwencję człowieka jako sposób na przyspieszenie procesów wzrostu, które naturalnie zajmą dekady, a nawet stulecia. Czasami to ludzkość jest zagrożona przez działalność zwierząt lub roślin, aw takich przypadkach to organizacje zarządzające dziką przyrodą przywracają równowagę.
Często do ochrony terytoriów zagrożonych gatunków stosuje się metody zarządzania siedliskami. Na przykład, ze względu na skłonność do pożarów, południowoafrykańskie zarośla Fynbos są domem dla wielu gatunków, które przystosowały się specjalnie do tych trudnych warunków. Wiele z tych gatunków nie istnieje nigdzie indziej na ziemi. Aby zapewnić przetrwanie tych roślin i zwierząt, dokłada się wszelkich starań, aby uniknąć interakcji człowieka z tym obszarem.
W bardziej ukierunkowanych inicjatywach na rzecz ochrony dzikiej przyrody, aby uratować zwierzę, może być wymagane bezpośrednie działanie człowieka. W takich przypadkach członkowie zagrożonych gatunków mogą zostać schwytani i umieszczeni w sztucznych środowiskach w celu ochrony i reprodukcji. Zamierzonym rezultatem tego typu programu jest zwykle przywrócenie opłacalnych basenów hodowlanych. W wielu przypadkach ostatecznym celem jest ponowne wprowadzenie gatunku do jego naturalnego środowiska.
Zagospodarowanie siedliska na dużym obszarze wzrostu drzew często nazywa się gospodarką leśną. Chociaż centralnym punktem tego rodzaju ochrony są wyraźnie drzewa, wysiłki są regularnie poszerzane o siedliska roślin i zwierząt, które zapewniają te obszary. W Ameryce Północnej gospodarka leśna zajmuje się głównie badaniem drzewostanów liściastych, ale zasady można rozszerzyć również na lasy deszczowe i dżungle.
Standardowym celem ekologicznym zarządzania siedliskami leśnymi jest wzorzec wzrostu zwany lasem wysokim. W tym ekosystemie są reprezentowane wszystkie etapy wzrostu drzew, od sadzonek do martwych drzew. Ponadto życie zwierząt i roślin jest bogate i zróżnicowane. Jeśli nie zostaną zakłócone, biomy lasów wysokich wystąpią naturalnie. Dzięki starannym praktykom gospodarki leśnej, takim jak selektywne cięcie drewna, ten rodzaj biomu może być zachowany i wzmocniony.
W rzadkich przypadkach celem zarządzania siedliskami jest uchronienie zwierząt przed zagrożeniem dla populacji i mienia ludzi. Na przykład na niektórych obszarach połączenie niekontrolowanej hodowli, ograniczonych polowań i dostępu do ludzkich źródeł pożywienia doprowadziło do przeludnienia jelenia białoogonowego. W rezultacie liczba doniesień o uszkodzeniach mienia i obrażeniach spowodowanych wypadkami jeleni przeciw pojazdom dramatycznie wzrosła. Wzrosły również przypadki znacznych uszkodzeń upraw spowodowanych karmieniem jeleni. Odpowiedzi lokalnych biur ds. zarządzania dziką fauną i florą obejmują programy relokacji zwierząt i dłuższe sezony polowań.