Jedną z najczęstszych metod oczyszczania układu pokarmowego jest kilkugodzinny lub kilkudniowy post. Niektóre substancje, takie jak węgiel aktywowany, mogą być również spożywane w celu wchłonięcia toksyn i innych szkodliwych substancji w przewodzie pokarmowym. Zabiegi lewatywy i hydroterapii jelita grubego są również bardzo skuteczne w oczyszczaniu dolnej części przewodu pokarmowego. Jednak jednym z najskuteczniejszych sposobów na utrzymanie przewodu pokarmowego w czystości i prawidłowej pracy jest zdrowa, zbilansowana dieta zawierająca dużo błonnika.
Wyeliminowanie stałych pokarmów z diety lub postu jest często jedną z preferowanych metod oczyszczania układu pokarmowego. Brak odpadów stałych w przewodzie pokarmowym podobno pozwala organizmowi wypłukać wszelkie toksyny, które się tam nagromadziły. Jednak poszczenie przez długi czas zwykle nie jest zalecane, a większość ludzi zwykle pości nie dłużej niż 12 do 24 godzin. Próba poszczenia przez dłużej niż kilka dni może być niebezpieczna.
Podczas postu zaleca się zwykle nawadnianie organizmu poprzez picie wody. Post z soku owocowego może być jednak również użyty do oczyszczenia układu pokarmowego. Podczas tego typu postu osoba zwykle pije tylko wodę i soki owocowe.
Tabletki z węglem aktywnym i glinką bentonitową można również stosować do oczyszczania układu pokarmowego. Po połknięciu związki te mogą wchłaniać toksyny, takie jak metale ciężkie i pestycydy, oraz niebezpieczne mikroorganizmy obecne w przewodzie pokarmowym. Są one następnie wydalane z organizmu w postaci ekskrementów. Oba te związki mogą jednak powodować pewne skutki uboczne, w tym zaparcia.
Innymi metodami oczyszczania przewodu pokarmowego są lewatywy i zabiegi hydroterapii jelita grubego. Jednak metody te są zwykle używane tylko do oczyszczania dolnej części przewodu pokarmowego. Lewatywa zazwyczaj polega na wyciskaniu ciepłej wody do odbytu. Pomaga to wypłukać toksyny i stwardniały kał z organizmu.
Hydroterapia okrężnicy jest czasami nazywana irygacją okrężnicy. Ta procedura zazwyczaj polega na umieszczeniu sterylnego węża w odbytnicy i przepłukaniu dolnej części jelita ciepłą wodą. W przeciwieństwie do lewatywy, która oczyszcza tylko dolną część jelita cienkiego, hydroterapia okrężnicy zazwyczaj oczyszcza całe jelito dolne.
Najskuteczniejszą metodą oczyszczania układu pokarmowego i zapobiegania gromadzeniu się toksyn jest jednak zdrowa, zbilansowana dieta. Pokarmy tłuste i rafinowane cukry nie powinny być spożywane, a przynajmniej spożywane z umiarem. Należy również zadbać o odpowiednią ilość błonnika, który jest niezbędny dla zdrowego układu pokarmowego i regularnych wypróżnień. Naturalne źródła błonnika to warzywa, owoce i produkty pełnoziarniste.