Oprogramowanie administratora systemu zazwyczaj zawiera szeroką gamę programów do monitorowania działań w systemie i reagowania na występujące zdarzenia lub problemy. Popularne programy obejmują narzędzia, których administrator może użyć do przejęcia kontroli nad zdalnym terminalem oraz oprogramowanie do zarządzania kontami i hasłami. Istnieją rodzaje oprogramowania administratora systemu używanego jako narzędzia do tworzenia kopii zapasowych i odzyskiwania w celu ochrony danych oraz programy zapewniające ochronę przed złośliwym oprogramowaniem. Inne narzędzia mogą obejmować narzędzia do konfigurowania i monitorowania sieci oraz kontrolowania dostępu do nich.
Wiele programów dla administratorów systemu jest opracowywanych jako narzędzia do pracy z komputerami będącymi częścią sieci. W tym charakterze programy do zdalnego pulpitu mogą być dość skuteczne. Ten rodzaj oprogramowania pozwala administratorowi przejąć kontrolę nad komputerem w sieci i rozwiązywać problemy za pośrednictwem programu. Takie oprogramowanie administratora systemu może nawet pozwolić na pełną kontrolę klawiatury i myszy, tak jakby administrator faktycznie siedział przy zdalnym terminalu.
Istnieje również wiele programów przeznaczonych do przydzielania i kontroli kont w systemie. Może to obejmować oprogramowanie administratora systemu służące do szybkiego tworzenia i rozpowszechniania nazw użytkowników oraz ustawiania domyślnych haseł. Mogą być uwzględnione dodatkowe zabezpieczenia i mechanizmy kontroli haseł, takie jak programy skanujące hasła w celu znalezienia tych, które są słabe lub złamane, i wysyłające powiadomienie do administratora.
Opracowano wiele narzędzi i programów do tworzenia kopii zapasowych i odzyskiwania danych w systemie. Takie oprogramowanie administratora systemu może szybko utworzyć dysk odzyskiwania lub wykonać pełny obraz dysku jako kopię zapasową. Popularne programy, takie jak oprogramowanie antywirusowe i filtry spamu, są również używane przez administratorów w celu zapewnienia bezpieczeństwa komputerów będących częścią sieci. Ten typ oprogramowania administratora systemu może być podobny do prostszych wersji programów ochronnych, ale może skanować wiele systemów jednocześnie i przekazywać informacje o nich razem.
Istnieją również programy do konfigurowania sieci, w tym lokalnych i większych sieci, które łączą się z Internetem i serwerami poza obszarem lokalnym. Oprogramowanie administratora systemu może służyć do testowania połączeń sieciowych oraz przeglądania danych przychodzących i wychodzących w celu wyszukania wskaźników ataków lub złośliwego oprogramowania w sieci. Administrator może również uruchomić testy w sieci, zwane testami penetracyjnymi, w celu wyszukania w niej terminali lub portów, które mogą być podatne na atak. Do dokładniejszych testów bezpieczeństwa można użyć innych narzędzi, takich jak programy, które przeprowadzają atak na sieć lub próbują włamać się do hasła.