Najpopularniejsze ustawienia serwera proxy dotyczą bezpośrednich połączeń z Internetem, automatycznego wykrywania i ręcznej konfiguracji. Można również wybrać serwery proxy protokołu przesyłania hipertekstu (HTTP) oraz SOCKS, sieciowy protokół proxy, serwery proxy. Dodatkowe ustawienia obejmują czyszczenie pamięci podręcznej i bezpieczne wiązanie.
Ustawienie połączenia bezpośredniego jest używane, gdy użytkownik chce uzyskać bezpośredni dostęp do Internetu, mimo że przeglądarka jest skonfigurowana do korzystania z serwera proxy. Jest to jedno z najprostszych i najczęstszych ustawień serwera proxy i jest przydatną funkcją, gdy użytkownik musi przełączać się między swoim prawdziwym adresem IP a serwerem proxy. Gdy to ustawienie jest używane, serwer proxy jest pomijany.
Ustawienia serwera proxy mogą być również wykrywane automatycznie. Gdy komputery w sieci muszą korzystać z tych samych ustawień proxy, można skonfigurować serwer i utworzyć specjalny profil przy użyciu plików .ins i .cab. Jest to szybki i łatwy sposób kontrolowania ustawień proxy z jednej centralnej lokalizacji, ponieważ komputery automatycznie wykrywają prawidłowe ustawienia.
Konfiguracja ręczna umożliwia użytkownikom ręczne wprowadzanie ustawień serwera proxy. Dostęp do tej funkcji można normalnie uzyskać poprzez menu „Narzędzia” przeglądarki internetowej. Panel ustawień oferuje opcję braku serwera proxy, automatycznego wykrywania, systemowych ustawień serwera proxy i ręcznej konfiguracji. W przypadku wybrania konfiguracji ręcznej użytkownik będzie mógł wybrać typ proxy, którego będzie używał. Następnie można wstawić prawidłowe informacje, aby zakończyć konfigurację.
Użytkownicy często będą mieli wybór między serwerami proxy HTTP a serwerami proxy SOCKS, zwłaszcza gdy używane jest oprogramowanie serwera proxy. Użytkownik wprowadza adres i port proxy. Jeśli jest to bezpieczny serwer proxy, oprogramowanie poprosi użytkownika również o podanie nazwy użytkownika i hasła.
Wyczyszczenie pamięci podręcznej to kolejne ustawienie serwera proxy. Chroni dane użytkownika w przypadku zapisanych haseł. Niektóre pakiety oprogramowania serwera proxy oferują również możliwość wyczyszczenia plików cookie i tymczasowych plików przeglądarki po rozłączeniu się użytkownika z serwerem proxy.
Niektóre pakiety oprogramowania proxy oferują również bezpieczne ustawienie powiązania. Gdy ta opcja jest włączona, użytkownik jest chroniony nawet w przypadku awarii serwera proxy. To ustawienie przerywa połączenie internetowe, jeśli serwer proxy przestanie działać podczas używania, uniemożliwiając ujawnienie prawdziwego adresu IP użytkownika. Jest to przydatna funkcja podczas korzystania z bezpiecznych witryn lub gdy problemem jest „wyciek” adresu IP.