Większość pacjentów przyjmujących beta sitosterol nie odczuje żadnych skutków ubocznych. Inni mogą odczuwać łagodne skutki uboczne, które zwykle ograniczają się do dyskomfortu żołądkowo-jelitowego. Jednak pacjenci z pewnymi wcześniej istniejącymi schorzeniami mogą doświadczać poważnych skutków ubocznych, które mogą prowadzić do lub zaostrzać chorobę serca. Podobnie jak w przypadku każdego leku, reakcja alergiczna jest jednym z możliwych skutków ubocznych beta sitosterolu i wymaga natychmiastowego leczenia.
Najczęstsze działania niepożądane dotyczą układu pokarmowego pacjenta i zwykle występują tylko u pacjentów, którzy przyjmują więcej beta sitosterolu niż zalecają lekarze. Efekty te mogą obejmować skurcze, niestrawność, nadmierne gazy i nudności. Pacjenci mogą również odczuwać zaparcia lub biegunkę w wyniku przyjmowania tego suplementu. Na ogół nie obserwuje się wymiotów przy stosowaniu beta-sitosterolu, chociaż pacjenci skłonni do wymiotów mogą to robić na początku nudności. W większości przypadków pacjenci, którzy doświadczają tych możliwych skutków ubocznych, nie są przez nie poważnie zaniepokojeni i kontynuują przyjmowanie suplementu zgodnie z zaleceniami.
Mężczyźni mogą również doświadczyć seksualnych skutków ubocznych beta sitosterolu. Wiadomo, że ten suplement zmniejsza popęd płciowy i powoduje zaburzenia erekcji. Objawy te ustępują, gdy pacjent przestaje przyjmować beta sitosterol i generalnie nie są powodem do niepokoju, zwłaszcza jeśli pacjent przyjmuje ten suplement tylko przez krótki okres czasu.
Beta sitosterol może również osłabiać zdolność pacjenta do wchłaniania zarówno witaminy E, jak i karotenów. Te działania niepożądane beta sitosterolu mogą powodować problemy neurologiczne lub długotrwałe komplikacje zdrowotne. Oba te możliwe skutki wynikają raczej z niedoboru witamin niż z samego beta sitosterolu i można je skorygować, przyjmując suplementację witaminą E i A. Pacjenci mogą również spożywać pokarmy bogate w te witaminy, aby zapobiec niedoborom.
Rzadko mogą wystąpić poważne reakcje alergiczne jako skutki uboczne beta sitosterolu. Objawy reakcji alergicznej obejmują wysypkę lub pokrzywkę, obrzęk twarzy lub jamy ustnej, trudności w oddychaniu oraz zmianę częstości akcji serca lub ciśnienia krwi. Pacjenci z tymi objawami muszą natychmiast zgłosić się do lekarza, aby można było wyleczyć reakcję alergiczną.
Możliwe jest również, że pacjenci z sitosterolemią doświadczą niepożądanych skutków ubocznych beta sitosterolu. U tych pacjentów beta sitosterol może prowadzić do choroby serca lub zaostrzenia istniejącej choroby serca. Dzieje się tak, ponieważ pacjenci z sitosterolemią mają już zbyt dużo beta sitosterolu w swoim ciele, co może zatykać tętnice i uszkadzać serce.