Elektroniczna dokumentacja medyczna wydaje się być aktualnym trendem w opiece zdrowotnej, a wielu lekarzy, pokrewnych pracowników służby zdrowia, farmaceutów i szpitali korzysta z jakiejś formy elektronicznej rejestracji danych pacjentów. Pomimo wielu zalet bardziej jednolitego podejścia do dokumentowania opieki medycznej i koordynowania opieki, gdy pacjenci odwiedzają kilku specjalistów, istnieją pewne wady elektronicznej dokumentacji medycznej. Ponieważ pacjenci częściej doświadczają wizyt lekarskich z elektroniczną kartą zdrowia (EHR), mogą oni od razu zauważyć niektóre z wad. Inne problemy pojawiają się „za kulisami”, poza obserwacją pacjenta.
Jedną z głównych wad elektronicznej dokumentacji medycznej jest to, że koszty uruchomienia są ogromne. Nie tylko należy kupić sprzęt do rejestrowania i przechowywania kart pacjentów (znacznie droższy niż papierowe i szafki na akta), ale także należy dołożyć starań, aby przekonwertować wszystkie karty do postaci elektronicznej. Pacjenci mogą znajdować się w stanie przejściowym, w którym stare dokumenty nie zostały jeszcze przekonwertowane, a lekarze nie zawsze o tym wiedzą. Co więcej, szkolenie w zakresie oprogramowania do elektronicznej dokumentacji medycznej wiąże się z dodatkowymi kosztami w płaceniu ludziom za udział w szkoleniu oraz w płaceniu trenerom za nauczanie praktyków.
Mimo przeszkolenia większość osób tworzących dokumentację medyczną to obecnie pielęgniarki, a często lekarze. Nieznajomość technologii, zwłaszcza gdy wdrażany jest program EHR, może znacząco skrócić czas pacjenta, ponieważ lekarz lub pielęgniarka zmaga się z nieznanym sprzętem. Wielu pacjentów zgłasza wizyty u lekarzy, podczas których lekarz musi skupić się na wymyślaniu sposobu wprowadzania danych drogą elektroniczną, a tym samym ma mniej czasu dla pacjenta. Opieka medyczna w i tak już zatłoczonych biurach może być opóźniona, gdy technologia nie jest niezawodna. Zamrożony komputer może ukraść minuty lub więcej z opieki nad pacjentem na ten dzień. Nadal łatwo jest również pominąć rejestrowanie istotnych szczegółów lub wpisać nieprawidłowe informacje.
Wraz ze skróceniem czasu lekarza/pacjenta, niektórzy ludzie stwierdzają, że elektroniczna dokumentacja medyczna i towarzyszące jej systemy zdepersonalizowały wizyty lekarskie lub wymagały wezwania do gabinetu lekarskiego. Protokół systemu może wymagać, na przykład, wysłania jakichkolwiek pytań pacjentów do lekarza, nawet jeśli przyjmuje je recepcjonistka i nawet jeśli lekarz mija tę recepcjonistę kilka razy dziennie. Może to wydłużyć czas oczekiwania na oddzwonienie lub wiadomości e-mail od lekarzy, zwłaszcza jeśli wiadomości e-mail nie są regularnie sprawdzane.
Dodatkowo nie ma jednego systemu elektronicznej dokumentacji medycznej. Jest wiele. Usprawnienie opieki nad pacjentem można osiągnąć tylko wtedy, gdy używany jest jeden system, ponieważ dwa lub więcej systemów może nie współpracować ze sobą. Jeśli szpital korzysta z innego systemu EHR niż lekarz pierwszego kontaktu, dokumentacja medyczna może nie być dostępna dla szpitala lub odwrotnie, od szpitala do lekarza. Elektroniczna dokumentacja medyczna może ograniczyć pracę biurową, ale może nie koordynować opieki między kilkoma lekarzami prowadzącymi, aptekami i pokrewnymi pracownikami służby zdrowia, jak obiecują, gdy każda grupa korzysta z różnych systemów.
Wreszcie, niektórzy obawiają się o bezpieczeństwo swojej dokumentacji medycznej, która powinna być całkowicie poufna. Hakerzy mogą ostatecznie przeniknąć do EHR pomimo środków bezpieczeństwa, a następnie mogą ujawnić poufne informacje innym. To sprawia, że niektórzy pacjenci martwią się o to, jak naprawdę bezpieczna i poufna jest ich elektroniczna dokumentacja medyczna.