Wady i zalety genetycznie modyfikowanych papai są przedmiotem debaty. Ogólnie rzecz biorąc, żywność modyfikowana genetycznie jest zwykle odporna na niektóre owady i inne plagi. Wady dotyczą przede wszystkim tego, że te produkty spożywcze nie okazały się bezpieczne w dłuższej perspektywie, więc istnieją pewne grupy środowiskowe i organizacje zdrowotne, które uważają, że genetycznie zmodyfikowana żywność może być szkodliwa dla zdrowia ludzkiego, jeśli jest spożywana w dużych ilościach.
Opracowano genetycznie zmodyfikowane papaje, aby były odporne na wirusa pierścieniowej plamistości papai, który może niszczyć plony rośliny. Zostały one opracowane iw chwili pisania tego tekstu są dostępne w różnych krajach. Wciąż jest więcej narodów, które nie poszły na modę, ale urzędnicy w branży próbują określić, jakie kroki należy podjąć, aby stały się bardziej dostępne. Wiele krajów, w których po raz pierwszy sprzedawano genetycznie zmodyfikowaną papaję, jest uprzemysłowionych, a kraje rozwijające się pozostają w tyle.
Toczy się ostra debata na temat produkcji i dystrybucji genetycznie zmodyfikowanej papai i innej żywności. Z jednej strony możliwość uprawy większej liczby roślin bez obawy przed wirusami i innymi patogenami niszczącymi rośliny oznacza, że ogólnie można uprawiać więcej żywności. Więcej uprawianej żywności oznacza, że jest więcej do zrobienia. Jest to ważny aspekt debaty, ponieważ populacja świata rośnie, a konwencjonalne uprawy mogą nie być wystarczająco owocne, aby wyżywić wszystkich w nieskończoność.
Na małą skalę mniejsze straty w plonach oznaczają, że rolnicy mogą zarobić więcej pieniędzy na utrzymanie własnych rodzin poprzez sprzedaż plonów. Jest to bardzo ważne dla hodowców, którzy mogą borykać się z problemami finansowymi z powodu rozległych strat plonów. Jeśli chodzi o papaje, wirus pierścieniowej plamistości papai może być bardzo niszczycielski i może zniszczyć całe uprawy.
Główną wadą stosowania genetycznie modyfikowanych papai i innych modyfikowanych pokarmów jest to, że nie udowodniono, że są one bezpieczne w dłuższej perspektywie. Niektóre organizacje zdrowotne twierdzą, że zagrożenia dla zdrowia ludzkiego są ogromne i że wszystkie genetycznie zmienione produkty spożywcze powinny być zakazane na półkach supermarketów. Inni twierdzą, że są one równie bezpieczne i zdrowe, co bardziej konwencjonalnie uprawiane rośliny. Prawda w tej sprawie może nie być znana przez jakiś czas.