Μια προσωρινή ειλεοστομία χρησιμοποιείται για την εκτροπή του περιεχομένου του εντέρου μακριά από ένα τμήμα του εντέρου που μπορεί να χρειαζόταν να επουλωθεί μετά από χειρουργική επέμβαση για την αφαίρεση ενός καρκίνου, για παράδειγμα. Μέρος του λεπτού εντέρου, ή ειλεός, θα έχει βγει στην επιφάνεια και θα έχει ανοιχτεί στο δέρμα μέσω μιας οπής γνωστής ως στομίας, επιτρέποντας τη συλλογή των αποβλήτων σε μια σακούλα. Όταν έρθει η ώρα να επανασυνδεθεί το έντερο, η διαδικασία θα ποικίλλει ανάλογα με τον τύπο της ειλεοστομίας που δημιουργήθηκε αρχικά. Μια απλή αφαίρεση ειλεοστομίας βρόχου μπορεί να περιλαμβάνει το κόψιμο δύο ανοιχτών άκρων του εντέρου μακριά από το δέρμα, τη συρραφή τους και την επιστροφή τους στην κοιλιά. Μια τελική αφαίρεση ειλεοστομίας είναι πιο περίπλοκη επειδή, μετά την αποκόλληση ενός κομματιού εντέρου από τη στομία, πρέπει να ενωθεί με ένα κομμάτι του εντέρου που βρίσκεται μέσα στην κοιλιά, απαιτώντας είτε κοιλιακή τομή είτε χειρουργική επέμβαση στην κλειδαρότρυπα.
Για τους ασθενείς που έχουν υποβληθεί σε ειλεοστομία βρόχου, ένας βρόχος του λεπτού εντέρου θα έχει τραβηχτεί από μια τρύπα στην κοιλιά και θα κοπεί στη μέση, αφήνοντας τα δύο κομμένα άκρα να ανοίγουν μέσα από τη στομία. Η διαδικασία αφαίρεσης ειλεοστομίας μπορεί να πραγματοποιηθεί μόνο όταν το έντερο έχει επουλωθεί πλήρως και οι μύες του σφιγκτήρα που ελέγχουν τη διέλευση των κοπράνων έξω από το σώμα λειτουργούν επαρκώς. Οι ασθενείς μπορούν να ασκήσουν ασκήσεις για τον τόνωση των μυών του σφιγκτήρα του πρωκτού τις εβδομάδες πριν από τη χειρουργική επέμβαση. Προκειμένου να επιτραπεί η καθίζηση του οιδήματος και του ουλώδους ιστού, η αφαίρεση ειλεοστομίας συνήθως δεν μπορεί να πραγματοποιηθεί έως ότου περάσουν περίπου εννέα εβδομάδες μετά την αρχική χειρουργική επέμβαση.
Απαιτείται λιγότερο από μία ώρα για να πραγματοποιηθεί η πραγματική αφαίρεση ειλεοστομίας, αλλά μπορεί να απαιτηθεί παραμονή έως και πέντε ημέρες στο νοσοκομείο. Συνήθως, μόνο υγρά επιτρέπονται την ημέρα πριν από το χειρουργείο και τίποτα μετά τα μεσάνυχτα. Ο χειρουργός κόβει το δέρμα και προς τα κάτω στην κοιλιά, κάνοντας μια κυκλική τομή που πηγαίνει γύρω από τη στομία. Στη συνέχεια, και τα δύο άκρα του εντέρου συρράπτονται ή ράβονται μεταξύ τους και τοποθετούνται πίσω μέσα στην κοιλιακή κοιλότητα, με μόνο μια μικρή πληγή να παραμένει στο δέρμα της κοιλιάς. Μετά τη διαδικασία, είναι φυσιολογικό να υπάρχουν μόνο υγρά στην αρχή και αργά να εξελίσσονται σε στερεά την ημέρα μετά την επέμβαση.
Οι ασθενείς που έχουν υποβληθεί σε τελική ειλεοστομία συνήθως χρειάζεται να περάσουν περισσότερες ημέρες στο νοσοκομείο, ίσως μέχρι δέκα, και η ανάρρωση συνήθως διαρκεί περισσότερο. Η χειρουργική επέμβαση αφαίρεσης ειλεοστομίας μπορεί να περιλαμβάνει το άνοιγμα της κοιλιακής τομής από την αρχική επέμβαση για να φτάσει στο ένα άκρο του εντέρου. Αυτό μπορεί στη συνέχεια να ενωθεί με το άλλο άκρο του εντέρου που έχει αποκολληθεί από τη στομία. Περιστασιακά, μια τελική ειλεοστομία μπορεί να αντιστραφεί χρησιμοποιώντας λαπαροσκοπικές τεχνικές ή χειρουργικές τεχνικές με κλειδαρότρυπα.