Υπάρχει μια σημαντική διαφορά μεταξύ της νοητικής υστέρησης και του αυτισμού. Ο αυτισμός δεν είναι μια μορφή νοητικής υστέρησης, παρόλο που πολλά αυτιστικά άτομα φαίνεται να συμπεριφέρονται σαν άτομα που πάσχουν από καθυστέρηση. Στην πραγματικότητα, οι αυτιστικοί άνθρωποι είναι γενικά πολύ έξυπνοι. Αντίθετα, τα άτομα με νοητική υστέρηση, εξ ορισμού, στερούνται τις απαραίτητες δεξιότητες για την καθημερινή ζωή και έχουν πνευματική ικανότητα κάτω του μέσου όρου.
Οι Αυστικοί έχουν ασύλληπτες αισθητηριακές εμπειρίες. Σε πολλές περιπτώσεις, μπορεί να αντιδρούν σε καταστάσεις με ευαίσθητο τρόπο. Μπορεί επίσης να είναι δύσκολο για αυτούς να ερμηνεύσουν αυτό που βιώνουν. Ως αποτέλεσμα, είναι σύνηθες να αποφεύγουν να τους αγγίζουν άλλοι άνθρωποι. Ο εγκέφαλός τους μπορεί να έχει ανεπαρκείς αισθήσεις για να ενημερώσει το υπόλοιπο σώμα τους τι συμβαίνει, κάτι που τελικά οδηγεί σε μεγαλύτερη σύγχυση για ένα αυτιστικό άτομο.
Τα προβλήματα ακοής και όρασης σε άτομα με αυτισμό είναι επίσης διαφορετικά. Πολλοί από τους θορύβους που ακούν βλάπτουν τα αυτιά τους επειδή δεν μπορούν να επεξεργαστούν σωστά τον ήχο. Όταν οι άνθρωποι τους μιλάνε, είναι δύσκολο να καταλάβουν τι λέγεται. Σε σύγκριση των δυνατοτήτων όρασης των ατόμων με νοητική υστέρηση και των ατόμων που πάσχουν από αυτισμό, τα αυτιστικά άτομα δυσκολεύονται περισσότερο να αναγνωρίσουν διαφορετικά πρόσωπα. Τα έντονα φώτα και οι συχνότητες που τρεμοπαίζουν κάνουν την θέαση αντικειμένων δύσκολη υπόθεση.
Τα αίτια της νοητικής υστέρησης και του αυτισμού σχετίζονται με διάφορους παράγοντες κινδύνου. Μια λοίμωξη όπως η μηνιγγίτιδα που υπάρχει κατά τη γέννηση ή εμφανίζεται μετά μπορεί να αυξήσει τις πιθανότητες νοητικής καθυστέρησης. Χρωμοσωμικές ανωμαλίες και κληρονομικές μεταβολικές διαταραχές όπως η νόσος Tay-Sachs μπορεί επίσης να το προκαλέσουν. Στον αυτισμό, μια ανώμαλη ανάπτυξη του εγκεφάλου ή η κονδυλώδης σκλήρυνση μπορεί να συμβάλει σε αυτόν. Ο αυτισμός είναι το τελικό αποτέλεσμα των πολλών διαταραχών που επηρεάζουν τον εγκέφαλο να αναπτυχθεί σωστά.
Όταν εξετάζουμε τις διαφορές μεταξύ αυτών των δύο καταστάσεων, οι παραλλαγές της νοητικής καθυστέρησης χωρίζονται σε τρεις γενικές κατηγορίες. Τα άτομα μπορεί να έχουν ήπια υστέρηση, μέτρια έως σοβαρή καθυστέρηση ή βαθιά νοητική υστέρηση. Τα χαρακτηριστικά ήπιας καθυστέρησης περιλαμβάνουν την ανάγκη περιορισμένης μόνο υποστήριξης και την εμφάνιση ήπιων αναπτυξιακών καθυστερήσεων. Η σοβαρή νοητική υστέρηση προσδιορίζει το άτομο ότι έχει τη νοοτροπία ενός βρέφους ή νηπίου παρά το γεγονός ότι είναι ενήλικος. Το βαθύ επίπεδο μπορεί να απαιτεί το άτομο να θεσμοθετηθεί.
Συνιστώνται ξεχωριστά σχέδια θεραπείας για τη νοητική υστέρηση και τον αυτισμό. Ο πρωταρχικός στόχος για τη θεραπεία ατόμων με νοητική υστέρηση είναι να αναπτυχθούν στο μέγιστο των δυνατοτήτων τους. Η έλλειψη περιέργειας και η συνεχής βρεφική συμπεριφορά είναι σημάδια νοητικής καθυστέρησης. Στον αυτισμό δεν υπάρχει πρωτόκολλο κύριας θεραπείας. Μελέτες έχουν δείξει ότι τα δομημένα προγράμματα συμπεριφοράς λειτουργούν καλύτερα για αυτιστικά άτομα.