Η Ομοιοπαθητική και η Φυσικοπαθητική, ενώ συχνά πιστεύεται ότι είναι το ίδιο πράγμα, είναι πολύ διαφορετικές στην πράξη και στην αποδοχή από τη σύγχρονη ιατρική. Η ομοιοπαθητική χρησιμοποιεί πολύ αραιωμένες ουσίες για τη θεραπεία ασθενειών, ενώ η φυσιοπαθητική χρησιμοποιεί αλλαγές στον τρόπο ζωής και φυτικά φάρμακα για θεραπεία. Η ομοιοπαθητική και η φυσικοπαθητική επικεντρώνονται στη σωματική και συναισθηματική ευεξία ενός ασθενούς, αλλά η ομοιοπαθητική έχει ελάχιστη έως καθόλου αποδοχή από την ιατρική κοινότητα. Αντίθετα, ορισμένοι σύγχρονοι γιατροί χρησιμοποιούν ένα μείγμα φυσικής παθολογίας και σύγχρονων ιατρικών θεραπειών για να θεραπεύσουν τους ασθενείς τους.
Η Ομοιοπαθητική, που σημαίνει «σαν ταλαιπωρία» στα ελληνικά, ιδρύθηκε από τον Samuel Hahnemann στα τέλη του 1700, όταν ανέπτυξε τη θεωρία του νόμου των ομοίων. Πίστευε ότι η λήψη μιας ουσίας που προκαλεί συμπτώματα μιας ασθένειας σε ένα υγιές άτομο και η αραίωσή της θα βοηθούσε τους ανθρώπους που πάσχουν από αυτή την ασθένεια να θεραπεύσουν τον εαυτό τους. Από την άλλη πλευρά, η φυσιοπάθεια, που χοντρικά μεταφράζεται σε «ασθένεια της φύσης» στα ελληνικά, έγινε δημοφιλής τον 19ο αιώνα από τον Benedict Lust. Αυτή η πρακτική βασίζεται στη χρήση φυσικών ουσιών και αλλαγές στον τρόπο ζωής για να υποστηρίξει το σώμα να θεραπεύσει τον εαυτό του, εστιάζοντας έτσι περισσότερο στη συνολική υγεία παρά σε μια μεμονωμένη ασθένεια ή πάθηση.
Θεωρούμενη αβάσιμη από την πλειονότητα της ιατρικής κοινότητας, η ομοιοπαθητική συνήθως παίρνει μια ουσία και την αραιώνει έως ότου απομείνει ελάχιστο έως καθόλου από την αρχική ουσία. Αυτό γίνεται τοποθετώντας το συστατικό σε ένα υγρό βάσης, ανακινώντας το, στραγγίζοντας το, ανακινώντας το ξανά και ούτω καθεξής μέχρι να παραμείνει το επιθυμητό επίπεδο υλικού. Αυτό βασίζεται στη θεωρία του Hahnemann για τη μνήμη του νερού, η οποία δηλώνει ότι η βάση θα διατηρήσει την ουσία της επιβλαβούς ουσίας χωρίς να έχει μείνει καμία ουσία, καθιστώντας το φάρμακο αβλαβές. Αυτή η θεωρία δεν έχει πραγματική επιστημονική βάση. Λόγω της ποσότητας της αραίωσης, είναι δύσκολο για τους επιστήμονες να αναδημιουργήσουν ή να μελετήσουν ομοιοπαθητικά φάρμακα. Η διαδικασία αραίωσης καθιστά επίσης εξαιρετικά δύσκολη τη συνοχή μεταξύ των ομοιοπαθητικών φαρμάκων.
Η Naturopathy, από την άλλη πλευρά, εστιάζει κυρίως στις αλλαγές στον τρόπο ζωής, όπως η υγιεινή φυσική διατροφή, οι ασκήσεις όπως η γιόγκα και οι φυσικές θεραπείες για θέματα υγείας όπως τα βότανα, ο βελονισμός ή ο διαλογισμός. Ένα καλό παράδειγμα αυτού θα ήταν η κατανάλωση τσαγιού με λεμόνι και η χρήση αλατούχου διαλύματος για ένα κοινό κρυολόγημα, αντί να παίρνετε φάρμακα για το κρυολόγημα χωρίς ιατρική συνταγή. Αυτή η εστίαση στη συνολική υγεία, και όχι στις αβάσιμες θεωρίες της ομοιοπαθητικής, είναι αυτό που έχει κάνει πολλούς σύγχρονους γιατρούς να χρησιμοποιούν ορισμένες φυσικές θεραπείες στην πρακτική τους. Όσον αφορά την ομοιοπαθητική και τη φυσικοπαθητική, η τελευταία είναι συνήθως η μόνη που στοχεύει να συνεργαστεί με τη σύγχρονη ιατρική και όχι εναντίον της.
Ενώ η ομοιοπαθητική και η φυσικοπαθητική είναι παρόμοιες στο ότι αντιμετωπίζουν ένα άτομο σε συναισθηματικό και σωματικό επίπεδο, οι ομοιότητες τείνουν να τελειώνουν εκεί. Η ομοιοπαθητική ουσιαστικά στοχεύει να αναγκάσει το σώμα να αυτοθεραπευθεί, ενώ η φυσικοπαθητική στοχεύει να παρέχει στο σώμα τη δύναμη να αυτοθεραπευθεί από μόνο του. Σε αντίθεση με την ομοιοπαθητική, η φυσιοπαθητική ιατρική αναγνωρίζεται επίσημα ως συμπληρωματική και εναλλακτική ιατρική (CAM) στις Ηνωμένες Πολιτείες.